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jiaozihao

新虫 (小有名气)

[求助] MS forcite模块计算范德华力截断半径大小选择? 已有2人参与

大家好!!
      在用ms forcite做分子动力学模拟时,对于计算范德华力,选用group based后,截断半径的大小该设置成多少合适呀?我看有些书上讲,在引入最近邻像约定后,其大小不能超过原胞尺寸的1/2,但是当我们用NPT系综模拟时,原胞大小是变化的呀,我们怎么能够提前预知并设置好呢?还是说MS不用考虑截断半径得小于二分之一尺寸值,截断半径越大,计算的也就越精确?
     请各位大神们看一看,哪一种说法是对的呀?
     谢谢!!!
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你最近问的几个问题都是MD中基础的问题。还是得多看看书。严格地说,盒子长度小于截断半径的两倍是不可接受的。不是根据盒子大小确定截断半径,而是要根据截断半径确定盒子大小的最小可接受值。截断半径足够大即可,具体参照前人工作,有时也需自己测试。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2018-03-18 18:57:30
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

用NPT时盒子大小确实会变化,但你如果对所模拟的对象有充分认识,就会做一个比较好的初始盒子大小,使得它与平衡后的盒子大小相差不大(一般顶多百分之几)。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2018-03-18 18:59:38
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jiaozihao

新虫 (小有名气)

嗯嗯!谢谢您提醒!我刚刚接触到这个,也是希望在实践中学习了解!(^_^)谢谢您的帮助!还得继续努力!

发自小木虫Android客户端
4楼2018-03-18 19:11:42
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SWUZS

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

截断半径设置还需要根据你设置的计算精度有关,确定计算精度之后再回过去控制模型尺寸大小,看建立多大的模型合适。
5楼2019-01-15 16:21:04
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