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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS forcite模块计算范德华力截断半径大小选择？
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jiaozihao

新虫 (小有名气)

[求助] MS forcite模块计算范德华力截断半径大小选择？ 已有2人参与

大家好！！
      在用ms forcite做分子动力学模拟时，对于计算范德华力，选用group based后，截断半径的大小该设置成多少合适呀？我看有些书上讲，在引入最近邻像约定后，其大小不能超过原胞尺寸的1/2，但是当我们用NPT系综模拟时，原胞大小是变化的呀，我们怎么能够提前预知并设置好呢？还是说MS不用考虑截断半径得小于二分之一尺寸值，截断半径越大，计算的也就越精确？
     请各位大神们看一看，哪一种说法是对的呀？
     谢谢！！！
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1楼 2018-03-17 19:46:09
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你最近问的几个问题都是MD中基础的问题。还是得多看看书。严格地说，盒子长度小于截断半径的两倍是不可接受的。不是根据盒子大小确定截断半径，而是要根据截断半径确定盒子大小的最小可接受值。截断半径足够大即可，具体参照前人工作，有时也需自己测试。

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2楼2018-03-18 18:57:30
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

用NPT时盒子大小确实会变化，但你如果对所模拟的对象有充分认识，就会做一个比较好的初始盒子大小，使得它与平衡后的盒子大小相差不大（一般顶多百分之几）。

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3楼2018-03-18 18:59:38
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jiaozihao

新虫 (小有名气)
嗯嗯！谢谢您提醒！我刚刚接触到这个，也是希望在实践中学习了解！(^_^)谢谢您的帮助！还得继续努力！

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4楼2018-03-18 19:11:42
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SWUZS

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

截断半径设置还需要根据你设置的计算精度有关，确定计算精度之后再回过去控制模型尺寸大小，看建立多大的模型合适。
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5楼2019-01-15 16:21:04
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