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shuiliushui

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子空间大小,求助,高手帮忙!谢谢!

想得到一个分子的空间大小,如附件。另外想知道氧氟沙星的分子大小,如图:
高手帮忙,非常感谢!

[ Last edited by shuiliushui on 2009-3-13 at 16:33 ]
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jghe

金虫 (著名写手)


shuiliushui(金币+1):谢谢参与
看看这个或许有用
2楼2009-03-13 21:23:46
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jghe

金虫 (著名写手)

3楼2009-03-13 21:23:57
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xuefei06

木虫 (正式写手)

★ ★
shuiliushui(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 3-18 08:55
你是说分子的拓扑空间还是分子的长宽高呀
4楼2009-03-13 23:50:46
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loovfnd

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
shuiliushui(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 3-18 08:55
gaussview可以吧
莫强求!
5楼2009-03-14 07:42:00
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shuiliushui

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by xuefei06 at 2009-3-13 23:50:
你是说分子的拓扑空间还是分子的长宽高呀

就是想得到氧氟沙星分子的长宽高,大哥帮忙

[ Last edited by shuiliushui on 2009-3-14 at 09:52 ]
6楼2009-03-14 09:51:49
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shuiliushui

金虫 (正式写手)

看来这是一个大工程啊
7楼2009-03-16 21:03:07
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)


shuiliushui(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by shuiliushui at 2009-3-14 09:51:



就是想得到氧氟沙星分子的长宽高,大哥帮忙

[ Last edited by shuiliushui on 2009-3-14 at 09:52 ]

直接从 xyz 的坐标来计算就可以了。
8楼2009-03-17 00:59:48
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xuefei06

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 3-18 08:55
shuiliushui(金币+3,VIP+0):谢谢您的帮助! 3-18 20:56
分子的构象有很多种,所以长宽高是不固定的,一般来应该是能量优化后的优势构像是的大小,并且在真空中的分子与在本体中的分子也是不同的,楼上说的可行,导出分子的坐标,分别求xyz的大小就可以,不过这只是分子上的单方向端点两个原子质心间的距离,如果要精确的话,还要加上粒子的半径。
9楼2009-03-17 23:30:20
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shuiliushui

金虫 (正式写手)

谢谢大家帮忙。找了个同学在算。不过真够慢的.
10楼2009-03-18 20:56:55
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