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ms分子动力学模拟NVT及NPT应用问题？ 已有1人参与
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大家好！ 我最近在做水的分子动力学模拟，网上文献在对模拟结果性质进行分析时，会提到具体温度T和压力P。但是在实际模拟过程中，用NPT系综是很难准确达到我们所设定的压力，P一般都会在设定值附近涨落，那么我们是不是就可以认为此时(虽然压力有波动但能量曲线已经相对稳定时)的性质就是对应的我们所设定的T和P下的性质呢？ 还有一个问题就是做分子动力学模拟时，如果我们要使体系达到需要的密度和温度状态，是不是只要NVT一个系综就行了？或者是NVT+NVE（因为一旦有NPT加入，密度就和初始设定值不一样了）？但是这样的话最终的压力波动会很大 如果我们要要使体系达到需要的温度和压力状态，是用NPT算平衡再用NVT计算性质对吗？ 我是新书，上面这些只是我自己根据所学的一些猜测，希望大家不吝赐教！！！ 衷心感谢！！！！！ |
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4楼2018-03-12 21:04:07
brucefan
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感谢参与，应助指数 +1
jiaozihao: 金币+50, ★★★★★最佳答案 2018-03-09 00:02:32
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总的评论：你的问题不局限于任何MD软件。 我最近在做水的分子动力学模拟，网上文献在对模拟结果性质进行分析时，会提到具体温度T和压力P。 但是在实际模拟过程中，用NPT系综是很难准确达到我们所设定的压力，P一般都会在设定值附近涨落， 那么我们是不是就可以认为此时(虽然压力有波动但能量曲线已经相对稳定时)的性质就是对应的我们所设定的T和P下的性质呢？ 回答：当瞬时压强在目标压强上下涨落，而且瞬时压强的平均值等于目标压强时，就可以认为系统的压强等于目标压强。 温度得情形也类似。这是MD模拟的最基本假设，即任何物理量的测量值等于其时间平均值。 还有一个问题就是做分子动力学模拟时，如果我们要使体系达到需要的密度和温度状态，是不是只要NVT一个系综就行了？ 或者是NVT+NVE（因为一旦有NPT加入，密度就和初始设定值不一样了）？但是这样的话最终的压力波动会很大 回答，如果事先就知道要达到怎样的密度，那么事先就会知道盒子的大小（如果原子数确定了的话）。此时，用NVT系综 模拟即可。没有NVT+NVE这样的说法。不要管压力波动大还是小，因为它肯定是有波动的，而且它的波动与体系粒子数 有很大关系。越大的体系波动越小。 如果我们要要使体系达到需要的温度和压力状态，是用NPT算平衡再用NVT计算性质对吗？ 回答：如果要达到特定的温度和压强，就得用NPT系综模拟。当达到目标状态（平衡态）后，用什么系综 模拟来计算性质，取决于研究目标。 |
2楼2018-03-08 23:25:30
3楼2018-03-09 00:04:22
5楼2018-03-16 00:32:06
