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大神你好！我最近在做水分子动力学模拟～在算常温常压下水扩散系...
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大神你好！我最近在做水分子动力学模拟～在算常温常压下水扩散系数时，先构建256个水分子无定型体系，再用forcite模块优化结构，用NVT做分子动力学模拟，时间步长0.5fs，模拟时间200ps，之后再NVT模拟50ps计算扩散系数，最后结果总是4点多，看文献上是2点多，请问这是系综选择的问题吗？但我感觉系综影响应该不是太大吧？我后来全用NPT又尝试了一下，扩散系数还是4点多，请问这有什么解决办法吗？谢谢 @月只蓝 发自小木虫Android客户端 |
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要重复文献的结果，首先要保证自己模型和计算参数设置与文献完全一致。此外，文献要找好一些的，并不是所有文献结果都可信。 发自小木虫Android客户端 |
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jiaozihao
2楼2018-03-08 20:40:23
3楼2018-03-08 20:47:12
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那你确定和文献的模型和步骤完全一致吗？ 如果确定，自己的结果和文献还差异很大，那需要考察计算细节了，比如计算斜率时，数据点的选取，据我所知，此时选取不同时间段下的数据，斜率的数据会有较大差别的。 发自小木虫Android客户端 |
4楼2018-03-09 07:43:02
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嗯嗯，谢谢您回复！模型和步骤按照表面上（文献上写的大步骤）应该是一致的～用msd斜率算扩散系数我一般取50ps在NVT系综里进行，一般系统平衡后（前面已经算平衡），这50ps内的msd曲线近乎是直线，只有可能在尾部有一些偏斜。您觉得256个分子体系常温常压下这样用这样的系综和时间算扩散系数合理吗？真的感谢您(^_^) @月只蓝 发自小木虫Android客户端 |
5楼2018-03-09 08:43:24
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6楼2018-03-09 18:31:20
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7楼2018-03-09 18:34:46
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