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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求一个计算径向密度分布函数的脚本
汕头大学海洋科学接受调剂
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estellalzy

新虫 (小有名气)

[求助] 求一个计算径向密度分布函数的脚本 已有2人参与

找了好久只看到大家都说有有有，然而我并没有找到。。
请求好心人，官方论坛也木有找到

大家新年快乐
不经常玩不会金币，过年了发个红包吧
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1楼 2018-02-13 19:38:16
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用compute rdf 命令或者输出若干帧坐标后自己写个小小的程序计算。这是非常简单的计算，几十行代码即可搞定。

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2楼2018-02-15 18:12:34
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
estellalzy: 金币+4, ★★★★★最佳答案 2018-02-26 12:16:30
去understanding molecular simulation - from algorithm and application那本书里面找，有个Fortran程序的例子
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3楼2018-02-16 09:54:05
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200204121

金虫 (正式写手)
ms做不了？

发自小木虫Android客户端
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4楼2018-02-20 18:43:36
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星空0206

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2018-02-15 18:12:34
用compute rdf 命令或者输出若干帧坐标后自己写个小小的程序计算。这是非常简单的计算，几十行代码即可搞定。

大神，你好，我要研究某高分子和水分子之间的键合、氢键，高分子里有氢和氧，水分子里有氢和氧，氢和氧之间形成氢键，我是把高分子、水里的氢和氧分别设置成set，然后建盒子、MD。最后用forcite做RDF分析，set下拉列表会出现好多H、O,到底选哪一个呢？另外Cutoff是设置成不大于盒子尺寸一半吗？
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5楼2018-06-22 10:27:32
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 星空0206 at 2018-06-22 10:27:32
大神，你好，我要研究某高分子和水分子之间的键合、氢键，高分子里有氢和氧，水分子里有氢和氧，氢和氧之间形成氢键，我是把高分子、水里的氢和氧分别设置成set，然后建盒子、MD。最后用forcite做RDF分析，set下拉 ...

我不懂软件。我科学网博客现在有求多原子类型系统的RDF程序。

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6楼2018-06-22 14:44:25
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 星空0206 at 2018-06-22 10:27:32
大神，你好，我要研究某高分子和水分子之间的键合、氢键，高分子里有氢和氧，水分子里有氢和氧，氢和氧之间形成氢键，我是把高分子、水里的氢和氧分别设置成set，然后建盒子、MD。最后用forcite做RDF分析，set下拉 ...

我不懂软件。我科学网博客现在有求多原子类型系统的RDF程序。

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7楼2018-06-22 14:44:38
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estellalzy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2018-02-15 18:12:34
用compute rdf 命令或者输出若干帧坐标后自己写个小小的程序计算。这是非常简单的计算，几十行代码即可搞定。

输出若干帧什么数据呢？我试了把想求的分子中的每类原子都设定成一个set，输出它的分布概率，然后分别乘以原子质量相加，好像结果不太对。

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8楼2018-06-22 14:54:07
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by estellalzy at 2018-06-22 14:54:07
输出若干帧什么数据呢？我试了把想求的分子中的每类原子都设定成一个set，输出它的分布概率，然后分别乘以原子质量相加，好像结果不太对。
...

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3102863&do=blog&id=1084245

看我的博文。

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9楼2018-06-22 15:16:18
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