应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求一个计算径向密度分布函数的脚本
91/1返回列表
查看: 1429  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

estellalzy

新虫 (小有名气)

[求助] 求一个计算径向密度分布函数的脚本 已有2人参与

找了好久只看到大家都说有有有，然而我并没有找到。。
请求好心人，官方论坛也木有找到

大家新年快乐
不经常玩不会金币，过年了发个红包吧
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2018-02-13 19:38:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用compute rdf 命令或者输出若干帧坐标后自己写个小小的程序计算。这是非常简单的计算，几十行代码即可搞定。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2018-02-15 18:12:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
estellalzy: 金币+4, ★★★★★最佳答案 2018-02-26 12:16:30
去understanding molecular simulation - from algorithm and application那本书里面找，有个Fortran程序的例子
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2018-02-16 09:54:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

200204121

金虫 (正式写手)
ms做不了？

发自小木虫Android客户端
回复此楼
4楼2018-02-20 18:43:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星空0206

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2018-02-15 18:12:34
用compute rdf 命令或者输出若干帧坐标后自己写个小小的程序计算。这是非常简单的计算，几十行代码即可搞定。

大神，你好，我要研究某高分子和水分子之间的键合、氢键，高分子里有氢和氧，水分子里有氢和氧，氢和氧之间形成氢键，我是把高分子、水里的氢和氧分别设置成set，然后建盒子、MD。最后用forcite做RDF分析，set下拉列表会出现好多H、O,到底选哪一个呢？另外Cutoff是设置成不大于盒子尺寸一半吗？
赞一下 回复此楼
5楼2018-06-22 10:27:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 星空0206 at 2018-06-22 10:27:32
大神，你好，我要研究某高分子和水分子之间的键合、氢键，高分子里有氢和氧，水分子里有氢和氧，氢和氧之间形成氢键，我是把高分子、水里的氢和氧分别设置成set，然后建盒子、MD。最后用forcite做RDF分析，set下拉 ...

我不懂软件。我科学网博客现在有求多原子类型系统的RDF程序。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
6楼2018-06-22 14:44:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 星空0206 at 2018-06-22 10:27:32
大神，你好，我要研究某高分子和水分子之间的键合、氢键，高分子里有氢和氧，水分子里有氢和氧，氢和氧之间形成氢键，我是把高分子、水里的氢和氧分别设置成set，然后建盒子、MD。最后用forcite做RDF分析，set下拉 ...

我不懂软件。我科学网博客现在有求多原子类型系统的RDF程序。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
7楼2018-06-22 14:44:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

estellalzy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2018-02-15 18:12:34
用compute rdf 命令或者输出若干帧坐标后自己写个小小的程序计算。这是非常简单的计算，几十行代码即可搞定。

输出若干帧什么数据呢？我试了把想求的分子中的每类原子都设定成一个set，输出它的分布概率，然后分别乘以原子质量相加，好像结果不太对。

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
8楼2018-06-22 14:54:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by estellalzy at 2018-06-22 14:54:07
输出若干帧什么数据呢？我试了把想求的分子中的每类原子都设定成一个set，输出它的分布概率，然后分别乘以原子质量相加，好像结果不太对。
...

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3102863&do=blog&id=1084245

看我的博文。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
9楼2018-06-22 15:16:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 estellalzy 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭