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董小莹

新虫 (正式写手)

[交流] Msi2lmp使用交流

ms建模 使用msi2lmp这个工具转换成data文件 ，可以带有compass力场么

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1楼 2018-02-10 23:02:52
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luyaobao

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
董小莹: 金币+5 2018-02-11 09:49:12
独孤神宇: 金币+1 2018-02-11 11:24:25
转换完成后在lammps中自己将力场设置为需要的就好，MS中最重要是得到原子位置和分子拓扑信息

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2楼2018-02-11 00:17:56
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董小莹

新虫 (正式写手)
也就是说在ms建模的时候可以不添加力场是么  具体操作语句是什么呢 我在Windows下运行的 求指教

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3楼2018-02-11 09:48:45
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无远不界

铁虫 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
独孤神宇: 金币+1 2018-02-13 07:49:09
可以带，但是compass不开源，msi2lmp只能用compass-published.frc，published不完整，会出现关键参数丢失的现象，影响后续计算

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4楼2018-02-13 07:32:25
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无远不界

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
BTW，msi2lmp已经好几年没更新了，开发者也已经表示不会再更了，可以考虑试试emc 的insight2lammps.pl，或者自己写

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董小莹
5楼2018-02-13 08:21:30
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无远不界

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 董小莹 at 2018-02-11 09:48:45
也就是说在ms建模的时候可以不添加力场是么  具体操作语句是什么呢 我在Windows下运行的 求指教

msi2lmp必须有力场，但是你可以改data文件，写入自己的力场参数

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6楼2018-02-13 08:23:01
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无远不界

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by luyaobao at 2018-02-11 00:17:56
转换完成后在lammps中自己将力场设置为需要的就好，MS中最重要是得到原子位置和分子拓扑信息

请教下，对与较复杂的大分子材料，如果不用ms分配力场参数，在lammps计算时，如何获取力场参数?谢谢

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7楼2018-02-13 08:25:26
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luyaobao

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by 无远不界 at 2018-02-13 08:25:26
请教下，对与较复杂的大分子材料，如果不用ms分配力场参数，在lammps计算时，如何获取力场参数?谢谢
...

可以使moltemplate利用oplsa（应该是这个名字）力场获得

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8楼2018-02-13 14:04:07
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董小莹

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 无远不界 at 2018-02-13 08:21:30
BTW，msi2lmp已经好几年没更新了，开发者也已经表示不会再更了，可以考虑试试emc 的insight2lammps.pl，或者自己写

谢谢

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9楼2018-03-24 14:41:32
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cshcgy

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
msi2lmp的README翻译文件，https://www.shehunotes.cn/?p=190，可以仔细看一下
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10楼2020-11-05 08:57:17
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