24小时热门版块排行榜    

查看: 2717  |  回复: 9
【有奖交流】积极回复本帖子,参与交流,就有机会分得作者 董小莹 的 10 个金币

董小莹

新虫 (正式写手)

[交流] Msi2lmp使用交流

ms建模 使用msi2lmp这个工具转换成data文件 ,可以带有compass力场么

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

分子动力学-初级问题资源

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luyaobao

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
董小莹: 金币+5 2018-02-11 09:49:12
独孤神宇: 金币+1 2018-02-11 11:24:25
转换完成后在lammps中自己将力场设置为需要的就好,MS中最重要是得到原子位置和分子拓扑信息

发自小木虫Android客户端
2楼2018-02-11 00:17:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

董小莹

新虫 (正式写手)

也就是说在ms建模的时候可以不添加力场是么  具体操作语句是什么呢 我在Windows下运行的 求指教

发自小木虫Android客户端
3楼2018-02-11 09:48:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

无远不界

铁虫 (正式写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
独孤神宇: 金币+1 2018-02-13 07:49:09
可以带,但是compass不开源,msi2lmp只能用compass-published.frc,published不完整,会出现关键参数丢失的现象,影响后续计算

发自小木虫Android客户端
4楼2018-02-13 07:32:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

无远不界

铁虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
BTW,msi2lmp已经好几年没更新了,开发者也已经表示不会再更了,可以考虑试试emc 的insight2lammps.pl,或者自己写

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2018-02-13 08:21:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

无远不界

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 董小莹 at 2018-02-11 09:48:45
也就是说在ms建模的时候可以不添加力场是么  具体操作语句是什么呢 我在Windows下运行的 求指教

msi2lmp必须有力场,但是你可以改data文件,写入自己的力场参数

发自小木虫Android客户端
6楼2018-02-13 08:23:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

无远不界

铁虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by luyaobao at 2018-02-11 00:17:56
转换完成后在lammps中自己将力场设置为需要的就好,MS中最重要是得到原子位置和分子拓扑信息

请教下,对与较复杂的大分子材料,如果不用ms分配力场参数,在lammps计算时,如何获取力场参数?谢谢

发自小木虫Android客户端
7楼2018-02-13 08:25:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luyaobao

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by 无远不界 at 2018-02-13 08:25:26
请教下,对与较复杂的大分子材料,如果不用ms分配力场参数,在lammps计算时,如何获取力场参数?谢谢
...

可以使moltemplate利用oplsa(应该是这个名字)力场获得

发自小木虫Android客户端
8楼2018-02-13 14:04:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

董小莹

新虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 无远不界 at 2018-02-13 08:21:30
BTW,msi2lmp已经好几年没更新了,开发者也已经表示不会再更了,可以考虑试试emc 的insight2lammps.pl,或者自己写

谢谢

发自小木虫Android客户端
9楼2018-03-24 14:41:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cshcgy

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
msi2lmp的README翻译文件,https://www.shehunotes.cn/?p=190,可以仔细看一下
10楼2020-11-05 08:57:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 董小莹 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 太卷了 +12 shuigubio 2024-06-17 23/1150 2024-06-17 22:38 by master_110
[找工作] 杭电、天津科技、青农和宁波工程学院如何选? +12 味道很好啊 2024-06-13 23/1150 2024-06-17 22:16 by 半简体
[基金申请] 博后基金刷到的BUG,图片来的更直观 +9 carolloo 2024-06-17 10/500 2024-06-17 20:44 by sunyuwei1994
[公派出国] 去英国的小伙伴儿都在哪儿租的房子呀? +5 65syn 2024-06-14 8/400 2024-06-17 19:57 by 爱吃菜的虫
[考博] 这个博士要读吗 +9 Sea Breeze 2024-06-16 17/850 2024-06-17 19:50 by zeolitess
[基金申请] 面青地会评时间 +8 tanjydd 2024-06-15 8/400 2024-06-17 17:08 by 小龙虾2008
[基金申请] 博后面上今天有bug可以看到是否资助? +22 lyfbangong 2024-06-12 33/1650 2024-06-17 16:17 by carolloo
[找工作] 江西双非一本和四川双一流高校如何选择? 5+8 寒山敲钟 2024-06-12 25/1250 2024-06-16 22:05 by zhaojiang427
[论文投稿] 二审返修送审10天了,原来一审的3个审稿人只有2个接受了审稿,会邀请新审稿人么? 50+3 huanpo116 2024-06-15 5/250 2024-06-16 10:27 by bobvan
[基金申请] 关于博后基金的bug问题 +6 lxr1991 2024-06-14 9/450 2024-06-15 21:17 by since—2010
[基金申请] BO4的YQ答辩通知发布了吗? +6 博学笃行 2024-06-11 6/300 2024-06-15 16:04 by 悲催科研狗
[基金申请] 面上基金有一个(两个)C是不是就没戏了.... 5+3 zzzm116 2024-06-13 17/850 2024-06-14 22:26 by lzt8076
[基金申请] 博士后基金需要结题吗? +8 zhouchuck 2024-06-13 8/400 2024-06-14 17:27 by liuyupu132
[考博] 申博找导师 +4 疏影横斜水清浅3 2024-06-13 6/300 2024-06-14 14:31 by zxl_1105
[基金申请] 国自然基金公布的时候基金号有吗 +8 潇洒怡惜 2024-06-13 11/550 2024-06-14 11:24 by JRfei
[论文投稿] 最近写了一篇控制优化领域的文章,可以投哪里啊?有没有水一些的期刊推荐 +7 香瓜木香 2024-06-12 13/650 2024-06-14 07:05 by 香瓜木香
[基金申请] 博士后面上项目状态还是专家评审吗 10+9 Thatcheremu 2024-06-13 55/2750 2024-06-13 21:23 by 乌合麒麟
[硕博家园] 机械研究生如何拿到年薪40+w +13 阿巴阿巴哦哦 2024-06-11 15/750 2024-06-13 15:40 by 113745685
[考博] 博导选择 +3 bing85977 2024-06-12 3/150 2024-06-13 15:34 by 我是邱尧
[论文投稿] 摩擦磨损论文投稿 +3 jmysan 2024-06-12 3/150 2024-06-13 08:36 by 莱茵润色
信息提示
请填处理意见