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lirenke

新虫 (初入文坛)

[交流] 怎么画抗体药物偶联物(ADC)的结构 已有2人参与

各位大神们,我手头有Pymol和DS,也有抗体的三维结构pdb,我需要把小分子药定点偶联在某个半胱氨酸上,怎么样才把这小分子药在pdb结构上画上去?

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hclwonder

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你可以手动把那个Cys与drug用共价键连起来,再Minimize能量优化一下。这样得到model再做图。当然这个model是不怎么准确的,只能用来大概看看。

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2楼2018-02-08 08:18:17
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awaken2013

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
试试 将硫原子与抗体半胱氨酸的硫原子距离限制后 md平衡一段时间 取cluster中心构象

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3楼2018-02-09 19:14:35
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