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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 构建水盒子出现的问题
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KiwiSun

新虫 (初入文坛)

[求助] 构建水盒子出现的问题

构建水盒子的过程中，水分子的数量、溶质的数量、水盒子的大小应该怎么确定呢？

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1楼 2018-02-05 10:32:16
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
满足最小临界的前提下 考虑蛋白可能的构象变化幅度 以及你目前拥有的计算资源多少决定

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2楼2018-02-05 10:42:33
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KiwiSun

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by awaken2013 at 2018-02-05 10:42:33
满足最小临界的前提下 考虑蛋白可能的构象变化幅度 以及你目前拥有的计算资源多少决定

我想做一个重金属溶液的环境，请问您金属离子的数量和水分子的数量是怎么确定的。

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3楼2018-02-05 10:53:26
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awaken2013

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by KiwiSun at 2018-02-05 10:53:26
我想做一个重金属溶液的环境，请问您金属离子的数量和水分子的数量是怎么确定的。
...

那主要还是根据金属离子浓度来判断 体系大小可以参考相关文献 没有的话 那就模拟个10x10x10 nm 怎么也够了。

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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

KiwiSun
4楼2018-02-05 12:28:08
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KiwiSun

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by awaken2013 at 2018-02-05 12:28:08
那主要还是根据金属离子浓度来判断 体系大小可以参考相关文献 没有的话 那就模拟个10x10x10 nm 怎么也够了。
...

我之前做了实验，您是说按照我自己的实验数据来定原子个数是吗，我刚才算了一下，水分子7111个，铜离子和硫酸根离子也就一个，是不是比例太大了呢？

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5楼2018-02-05 13:24:56
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KiwiSun

新虫 (初入文坛)
自己顶一下

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6楼2018-02-05 17:33:38
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