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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求高手帮助设计引物 散30金币
汕头大学海洋科学接受调剂
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yghboy168

银虫 (小有名气)

[交流] 求高手帮助设计引物 散30金币

本基因是链霉菌NRPS基因簇中小片段基因。上引中，加入NdeI酶切位点，下引加入Xbal meixie 位点。

      1 GTGAGTGAGA GCCGCTGTGC CGGGCAGGGC CTGGTGGGGG CACTGCGGAC CTGGGCACGG
     61 ACACGTGCCC GGGAGACTGC CGTGGTTCTC GTACGGGACA CCGGAACCAC CGACGACACG
    121 GCGTCGGTGG ACTACGGACA GCTGGACGAG TGGGCCAGAA GCATCGCGGT GACCCTCCGA
    181 CAGCAACTCG CGCCGGGGGG ACGGGCACTT CTGCTGCTGC CGTCCGGCCC GGAGTTCACG
    241 GCCGCGTACC TCGGCTGCCT GTACGCGGGT CTGGCCGCCG TACCGGCGCC GCTGCCCGGG
    301 GGGCGCCACT TCGAACGCCG CCGTGTCGCG GCCATCGCCG CCGACAGCGG AGCCGGCGTG
    361 GTGCTGACCG TCGCGGGTGA GACCGCCTCC GTCCACGACT GGCTGACCGA GACCACGGCC
    421 CCGGCTACTC GCGTCGTGGC CGTGGACGAC CGGGCGGCGC TCGGCGACCC GGCGCAGTGG
    481 GACGACCCGG GCGTCGCGCC CGACGACGTG GCTCTCATCC AGTACACCTC GGGCTCGACC
    541 GGCAACCCCA AGGGCGTGGT CGTGACCCAC GCCAACCTGC TGGCGAACGC GCGGAATCTC
    601 GCCGAGGCCT GCGAGCTGAC CGCCGCCACT CCCATGGGCG GCTGGCTGCC CATGTACCAC
    661 GACATGGGGC TCCTGGGCAC GCTGACACCG GCCCTGTACC TCGGCACCAC GTGCGTGCTG
    721 ATGAGCTCCA CGGCATTCAT CAAACGGCCG CACCTGTGGC TACGGACCAT CGACCGGTTC
    781 GGCCTGGTCT GGTCGTCGGC TCCCGACTTC GCGTACGACA TGTGTCTGAA GCGCGTCACC
    841 GACGAGCAGA TCGCCGGGCT GGACCTGTCC CGCTGGCGGT GGGCCGGCAA CGGCGCGGAG
    901 CCCATCCGGG CAGCCACCGT ACGGGCCTTC GGCGAACGGT TCGCCCGGTA CGGCCTGCGC
    961 CCCGAGGCGC TCACCGCCGG CTACGGGCTG GCCGAGGCCA CCCTGTTCGT GTCGAGGTCG
   1021 CAGGGGCTGC ACACGGCACG AGTCGCCACC GCCGCCCTCG AACGCCACGA ATTCCGCCTC
   1081 GCCGTACCCG GCGAGGCAGC CCGGGAGATC GTCAGCTGCG GTCCCGTCGG CCACTTCCGC
   1141 GCCCGCATCG TCGAACCCGG CGGGCACCGT GTTCTGCCGC CCGGCCAGGT CGGCGAGCTG
   1201 GTCCTCCAGG GAGCCGCCGT CTGCGCCGGC TACTGGCAGG CCAAGGAGGA GACCGAGCAG
   1261 ACCTTCGGCC TCACCCTCGA CGGCGAGGAC GGTCACTGGC TGCGCACCGG CGATCTCGCC
   1321 GCCCTGCACG AAGGGAATCT CCACATCACC GGCCGCTGCA AAGAGGCCCT GGTGATACGA
   1381 GGACGCAATC TGTACCCGCA GGACATCGAG CACGAACTCC GCCTGCAACA CCCGGAACTT
   1441 GAGAGCGTCG GCGCCGCGTT CACCGTCCCG GCGGCACCTG GCACGCCGGG CTTGATGGTG
   1501 GTCCACGAAG TCCGCACCCC GGTCCCCGCC GACGACCACC CGGCCCTGGT CAGCGCCCTG
   1561 CGGGGGACGA TCAACCGCGA ATTCGGACTC GACGCCCAGG GCATCGCCCT GGTGAGCCGC
   1621 GGCACCGTAC TGCGTACCAC CAGCGGCAAG GTCCGCCGGG GCGCCATGCG TGACCTCTGC
   1681 CTCCGCGGGG AGCTGAACAT CGTCCACGCG GACAAGGGCT GGCACGCCAT CGCCGGCACG
   1741 GCCGGAGAGG ACATCGCCCC CACTGACCAC GCTCCACATC CGCACCCCGC GTAATCGCCG
   1801 GAGGGCGGCC CTGCCCTGGA ACGGGCACCG CGGTGCCCGC CGACAGCGAG GAGTAGCTCC
   1861 ACATGAACCC GCCCGAAGCG GTCAGCACGC CCAGCGAGGT CACCGCGTGG ATCACCGGAC
   1921 AGATCGCCGA GTTCGTGAAC GAGACACCCG ACCGGATCGC CGGTGACGCA CCCCTGACCG
   1981 ACCATGGCCT CGACTCCGTC TCCGGAGTTG CCCTCTGCGC GCAGGTCGAG GACCGCTACG
   2041 GGATCGAGGT CGACCCGGAG CTGCTGTGGA GCGTCCCCAC ACTCAACGAG TTCGTCCAGG
   2101 CACTGATGCC CCAGTTGGCC GACCGCACCT G
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眼内有尘三界窄，心头无事一床宽！
1楼 2009-03-06 19:59:25
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小猫三两只

金虫 (正式写手)
★
yghboy168(金币+1):谢谢参与
上下游没有要求到哪结束吗?

上游:ata   CAT ATG     GGG CAC TGC GGA CCT GG
   从第38个碱基开始,长17bp,62.4度
下游:aat   TCT AGA     CAG CAG CTC CGG GTC GAC
    到2066结束,长18bp,61.9度
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7楼2009-03-07 13:45:31
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wmjiang

银虫 (小有名气)
★ ★
yghboy168(金币+1):谢谢参与
yghboy168(金币+1,VIP+0):80 3-7 10:38
Up:
cttCATATGATGGGCGGCTGGCTGCCCATGT
Down:
cttTCTAGATTACGCGGGGTGCGGATGTGGA

你要用PFU扩超过2KB的片段很困难，你只是表达基因，用ORF就行了

[ Last edited by wmjiang on 2009-3-9 at 22:32 ]
赞一下(6人) 回复此楼
2楼2009-03-06 22:42:29
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sutao1979

木虫 (著名写手)

小木虫10年groupleader
★ ★
yghboy168(金币+1):谢谢参与
yghboy168(金币+1,VIP+0):70 3-7 10:38
gc含量比较高，用保真性比较高的酶
赞一下(6人) 回复此楼
会当凌绝顶，一览众山小
3楼2009-03-07 00:18:09
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muchong5577

金虫 (正式写手)
★ ★
yghboy168(金币+1):谢谢参与
yghboy168(金币+1,VIP+0):90 3-7 10:38
上游：5‘ CAT  ATG  AGT  GAG  AGC  CGC  TGT  GCC  G  3’  
下游：5‘ TCT  AGA  CAG  GTG  CGG  TCG  GCC  AAC  TG  3’
两引物Tm相差3℃，建议退火温度：65.3-5=60℃
如不是接着做TA克隆，可各在上下游引物5‘端加保护碱基(CC),(GC).
赞一下(6人) 回复此楼
4楼2009-03-07 00:19:05
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