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robinhoon

[交流] 【求助】过渡态优化是总是出错

在过渡态搜索的时候，总是出现“ Hydrogen   33 has 2 bonds”然后就是在L301停掉了，把H调远了最后也是这样，换QST3也一样。是不是还是初始结构有问题哦？哪位高手帮帮忙。
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1楼 2009-03-05 18:47:44
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recoli

金虫 (正式写手)
★
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
你是不是用了PCM
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2楼2009-03-05 19:27:38
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robinhoon

★
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
是啊，我用了PCM，溶剂用的是水。这是什么回事，要修改吗？
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3楼2009-03-05 20:15:58
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handongxue1011

银虫 (正式写手)
★
yuhuobuku(金币+1):欢迎参加讨论
Hydrogen   33 has 2 bonds  说明你33号的氢成了二个键,说明你的结构不好,H离二个在它边上的原子很近导致的.
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哭非人生,笑非人生,哭笑不得乃人生!
4楼2009-03-05 21:26:11
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★
yuhuobuku(金币+2,VIP+0):欢迎参加讨论 3-7 17:12
是这样的，PCM默认是UAO也就是联合原子模型，H原子是依附在重原子（如O、N之类）上的，当你的过渡态出现类似O-H-O的结构时系统不知道该把这个H原子归属于哪个O原子，然后就出错。

解决办法是给H原子使用单独的球或者使用其他原子模型，详见Gaussian手册，具体我用得不多，也不好评价。
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5楼2009-03-07 13:12:50
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robinhoon

好的，谢谢!
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6楼2009-03-09 10:58:11
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