| 查看: 697 | 回复: 1 | ||
[求助]
基因组DNA序列按照位置提取
|
|
我有1个基因组DNA序列文件(记为文件A， fasta格式)， 现在我要从该文件里面大批量提取A文件的不同指定位置的序列， 比如 我要提取以下2个不同位置的序列（记为文件B，fasta格式）如下 编号:开始位置-结束位置 1：107-1618 2：1657-2760 把这些提取信息(编号:开始位置-结束位置)都放在文件B，然后根据这些提取信息去提取目标文件A里相对应的序列， 提取出来的序列写入一个新文件里面(记为文件C，fasta格式)，每一条提取出来的序列的名称要为所使用的相对应提取信息以及序列具体是什么，比如提取信息为1:107-1618， 提取出来的序列的文件C如下 >1:107-1618 ATCGGGGCTTTTTTTTTACTGCTGAGTCTCAGCGTAGTC 请问如何用perl 代码来实现以上过程.下面是我的程序（见文件夹里.pl文件。） 可是实现不了，求指教  |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有8人回复
-
体制内长辈说体制内绝大部分一辈子在底层，如同你们一样大部分普通教师忙且收入低
已经有13人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有11人回复
-
为什么中国大学工科教授们水了那么多所谓的顶会顶刊，但还是做不出宇树机器人？
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有9人回复
-
售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
生信菜鸟
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 184.6
- 散金: 10
- 帖子: 73
- 在线: 10.6小时
- 虫号: 6037865
- 注册: 2017-03-18
- 性别: GG
- 专业: 分子与进化生态学
2楼2018-07-05 10:44:34
