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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 资源 » 淀粉-蛋白质-脂质三者相互作用的分子模拟
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dovekk2009

新虫 (小有名气)

[求助] 淀粉-蛋白质-脂质三者相互作用的分子模拟

我想做淀粉，蛋白质和脂质三者的相互作用的分子模拟，看到琳琅满目的软件蒙了。。不知道选择哪种分子模拟软件比较合适，求大神指教！
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1楼 2018-01-20 19:25:17
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hclwonder

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by dovekk2009 at 2018-01-21 10:27:20
是从头开始学习分子模拟的基本理论还是直接学习Gromacs的使用呢，我们老师说如果我会用了给实验室买个服务器专门做这个。。。。...

建议先了解最基本的原理，然后就上手软件，边练习边学理论

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7楼2018-01-21 15:47:31
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lytclpf

新虫 (正式写手)
看上去好大的体系，你准备模拟体系有多少原子

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2楼2018-01-20 19:47:59
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dovekk2009

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lytclpf at 2018-01-20 19:47:59
看上去好大的体系，你准备模拟体系有多少原子

我刚开始接触，就是想模拟一个淀粉片段，差不多18个葡萄糖残基，葡萄糖采用β-乳球蛋白，PDB里面有，脂质采用一个棕榈酸分子就可以了。Gromacs是不是比较适合？我是学食品的，专业不是分子模拟的，我看着分子模拟的那些原理好复杂，我还能学得会吗。。。。
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3楼2018-01-21 09:57:01
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hclwonder

新虫 (正式写手)
脂质一个分子就够了吗？gromacs当然可以，但估计需要你捣鼓一段时间。

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4楼2018-01-21 10:07:46
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