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dovekk2009

新虫 (小有名气)

[求助] 淀粉-蛋白质-脂质三者相互作用的分子模拟

我想做淀粉,蛋白质和脂质三者的相互作用的分子模拟,看到琳琅满目的软件蒙了。。不知道选择哪种分子模拟软件比较合适,求大神指教!
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dovekk2009

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hclwonder at 2018-01-21 10:07:46
脂质一个分子就够了吗?gromacs当然可以,但估计需要你捣鼓一段时间。

是从头开始学习分子模拟的基本理论还是直接学习Gromacs的使用呢,我们老师说如果我会用了给实验室买个服务器专门做这个。。。。
6楼2018-01-21 10:27:20
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lytclpf

新虫 (正式写手)

看上去好大的体系,你准备模拟体系有多少原子

发自小木虫IOS客户端
2楼2018-01-20 19:47:59
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dovekk2009

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lytclpf at 2018-01-20 19:47:59
看上去好大的体系,你准备模拟体系有多少原子

我刚开始接触,就是想模拟一个淀粉片段,差不多18个葡萄糖残基,葡萄糖采用β-乳球蛋白,PDB里面有,脂质采用一个棕榈酸分子就可以了。Gromacs是不是比较适合?我是学食品的,专业不是分子模拟的,我看着分子模拟的那些原理好复杂,我还能学得会吗。。。。
3楼2018-01-21 09:57:01
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hclwonder

新虫 (正式写手)

脂质一个分子就够了吗?gromacs当然可以,但估计需要你捣鼓一段时间。

发自小木虫Android客户端
4楼2018-01-21 10:07:46
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