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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 本地Blast的问题
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wenyi1991113

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 本地Blast的问题 已有2人参与

如何通过模式动物上得到的一个基因序列，在已知的某物种基因组或转录组数据中比对出相同基因的序列？

希望得到快速而又有效的解决方案，急求！！！@biostar2009@飞约疯人院@wizardfan@youlinglyw
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鱼与熊掌不可兼得
1楼 2018-01-18 02:11:41
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drwhoknowss

荣誉版主 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
最好用balstp。
模式基因---蛋白。
基因组／转录组也翻译成蛋白。
Blastp，找出最相近。
在DNA水平很难找，除非物种非常接近
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Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order. -- Nobel laureate Sydney Brenner
2楼2018-01-18 23:58:08
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swearit

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

1.软件下载(bioedit)：http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/page2.html

2.数据准备：模式物种基因序列或蛋白序列；某物种基因组基因序列文件或转录组基因序列文件（或蛋白文件）

3.bioedit内建立蛋白或核酸数据库（如下图一）

........


参考《windows系统下，如何通过模式基因序列，在已知的某物种基因组或转录组数据中比对同源基因？》http://www.planttech.com.cn/blog/windows
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3楼2018-01-22 12:39:27
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