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mgqqlwq铜虫 (著名写手)
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求教我的二氧化硅体系的弛豫应该采用nvt系综还是npt系综 已有3人参与
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我用VMD建立了SiO2的盒子，LAMMPS里面三个边界都选为周期性的，初始化和定义力场之后，利用minimize和npt（或者nvt）系综对体系进行弛豫，in文件如下，区别是一种采用nvt系综而另一种采用npt系综，根据结果来看两种弛豫的主要区别在于100000步之后的压力区别比较大。本人小白有两个问题求教一下各位模拟的大神和坛友。 1. minimize应该是在0K下的结构最优化吗？velocity create之后体系原子的温度已经是300K了，这时候做最小化是否合理？ 2. 采用nvt系综100000步之后的thermo信息是： Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 100000 299.99624 -1786635.5 0 -1776212.1 38516.104 而采用npt系综的thermo信息是： Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume 100000 300.35095 -1789725.2 0 -1779289.5 -126.32433 4191230.7 从结果看主要的区别是压力值差别非常大。请问对体系弛豫的时候应该采用哪一种系综呢？ 我对minimize命令和系综的使用概念还不是很清楚，还请各位模拟高手多多指导和帮助。 我的in文件如下： echo both variable T equal 300 units metal dimension 3 boundary p p p atom_style full read_data silicondioxide.data pair_style tersoff pair_coeff * * SiO.tersoff O Si timestep 0.001 thermo 10 velocity all create $T 38168 rot yes mom yes dist gaussian dump 1 all custom 1000 dump.silicondioxide.minimize id type x y z min_style cg minimize 0 0 100000 100000 reset_timestep 0 undump 1 dump 2 all custom 5000 dump.silicondioxide.nvt id type x y z fix nvt_relax all nvt temp $T $T 0.1 drag 0.2 #fix npt_relax all npt temp $T $T 0.1 iso 0 0 1 drag 0.2 #两种方法的区别是另一种采用NPT系综 run 100000 unfix nvt_relax |
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mgqqlwq
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8楼2018-01-06 16:26:44
hongyingwu
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【答案】应助回帖
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