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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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mgqqlwq

铜虫 (著名写手)

[求助] 求教我的二氧化硅体系的弛豫应该采用nvt系综还是npt系综已有3人参与

我用VMD建立了SiO2的盒子,LAMMPS里面三个边界都选为周期性的,初始化和定义力场之后,利用minimize和npt(或者nvt)系综对体系进行弛豫,in文件如下,区别是一种采用nvt系综而另一种采用npt系综,根据结果来看两种弛豫的主要区别在于100000步之后的压力区别比较大。本人小白有两个问题求教一下各位模拟的大神和坛友。
1. minimize应该是在0K下的结构最优化吗?velocity create之后体系原子的温度已经是300K了,这时候做最小化是否合理?
2. 采用nvt系综100000步之后的thermo信息是:
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press
100000    299.99624   -1786635.5            0   -1776212.1    38516.104
而采用npt系综的thermo信息是:
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume
100000    300.35095   -1789725.2            0   -1779289.5   -126.32433    4191230.7
从结果看主要的区别是压力值差别非常大。请问对体系弛豫的时候应该采用哪一种系综呢?

我对minimize命令和系综的使用概念还不是很清楚,还请各位模拟高手多多指导和帮助。


我的in文件如下:
echo            both
variable        T equal 300
units           metal
dimension       3
boundary        p p p
atom_style      full
read_data       silicondioxide.data
pair_style      tersoff
pair_coeff      * * SiO.tersoff O Si
timestep        0.001
thermo          10
velocity        all create $T 38168 rot yes mom yes dist gaussian

dump            1 all custom 1000 dump.silicondioxide.minimize id type x y z  
min_style       cg
minimize        0 0 100000 100000
reset_timestep  0
undump          1

dump            2 all custom 5000 dump.silicondioxide.nvt id type x y z
fix             nvt_relax all nvt temp $T $T 0.1 drag 0.2
#fix          npt_relax all npt temp $T $T 0.1 iso 0 0 1 drag 0.2   #两种方法的区别是另一种采用NPT系综
run             100000
unfix           nvt_relax
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mgqqlwq

铜虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hongyingwu at 2018-01-05 09:49:44
https://etd.ohiolink.edu/rws_etd/document/get/osu1290543413/inline

你好!我现在可以打开了下载下来了,不过好长啊,172页
5楼2018-01-05 23:00:07
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hongyingwu

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mgqqlwq: 金币+5 2018-01-06 16:20:45
2楼2018-01-05 09:49:44
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hongyingwu

至尊木虫 (文坛精英)

毕业论文题目:Structure and Dynamics of Molecules at Water/Silica and
Water/Carbon Dioxide Interfaces
3楼2018-01-05 09:51:24
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mgqqlwq

铜虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hongyingwu at 2018-01-05 09:49:44
https://etd.ohiolink.edu/rws_etd/document/get/osu1290543413/inline

您好!谢谢回复!不过您给的这个链接不知道为什么我打不开。
4楼2018-01-05 11:00:47
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