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JOJOFIY

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】:大分子结构优化【chemoffice6.0 】

我在chemoffice6.0 中用MOPAC的PM3对化合物的分子构型进行了优化,但是有几个分子的分子量较大,超过了运算范围,该如何解决问题呢?请各位大侠出手相助。
分子式:C134H112N12O5
           C182H160N20O9
目前正在尝试半支烟的方法逐步优化分子构型,但是发现很耗时间。希望得到指点。

经过一天的尝试,以失败告终,各位高人继续指教。

[ Last edited by cadick on 2009-12-14 at 02:49 ]
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xs.jian

金虫 (正式写手)


JOJOFIY(金币+1):谢谢参与
安装高级点的chem3D试试
你站在桥上看风景,看风景的人在楼上看你.明月装饰了你的窗子,你装饰了别人的梦......
13楼2009-04-24 19:47:59
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★ ★
JOJOFIY(金币+1):谢谢参与
JOJOFIY(金币+1,VIP+0):谢谢,但是我没有装这个,我之前没有搞过计算 2-27 19:50
是多大的分子?
用普通的分子力学方法,比如sybyl中的SD,CG方法不可以么?
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-02-27 17:41:22
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liuyihua

铁杆木虫 (小有名气)

★ ★
JOJOFIY(金币+1):谢谢参与
JOJOFIY(金币+1,VIP+0):谢谢,您说的是不是还需要安装另一个 软件辅助,我电脑中没哟你说的这个 2-27 19:53
机子配置好的可以用Material Studio,差的话可以用VMD+NAMD或Tinker,另外对大分子最好用分子力学或分子动力学的方法,这样效率高。
3楼2009-02-27 17:54:57
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半支烟5591

银虫 (正式写手)

专家


★ ★
JOJOFIY(金币+1):谢谢参与
JOJOFIY(金币+1,VIP+0):这个办法不错,就是我不知道怎样具体实施,可以说的再具体写吗,我的原子数比较多 2-27 19:54
可以尝试,从小基组一步一步优化,也可以把整个分子分开,优化完一部分后,再添一部分优化,直到最后整个分子优化完毕!
4楼2009-02-27 19:33:09
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