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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】：大分子结构优化【chemoffice6.0 】
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JOJOFIY

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】：大分子结构优化【chemoffice6.0 】

我在chemoffice6.0 中用MOPAC的PM3对化合物的分子构型进行了优化，但是有几个分子的分子量较大，超过了运算范围，该如何解决问题呢？请各位大侠出手相助。
分子式：C134H112N12O5
           C182H160N20O9
目前正在尝试半支烟的方法逐步优化分子构型，但是发现很耗时间。希望得到指点。

经过一天的尝试，以失败告终，各位高人继续指教。

[ Last edited by cadick on 2009-12-14 at 02:49 ]
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1楼 2009-02-27 16:32:13
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
JOJOFIY(金币+1):谢谢参与
JOJOFIY(金币+1,VIP+0):谢谢，但是我没有装这个，我之前没有搞过计算 2-27 19:50
是多大的分子？
用普通的分子力学方法，比如sybyl中的SD，CG方法不可以么？
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-02-27 17:41:22
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liuyihua

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
JOJOFIY(金币+1):谢谢参与
JOJOFIY(金币+1,VIP+0):谢谢，您说的是不是还需要安装另一个 软件辅助，我电脑中没哟你说的这个 2-27 19:53
机子配置好的可以用Material Studio，差的话可以用VMD+NAMD或Tinker，另外对大分子最好用分子力学或分子动力学的方法，这样效率高。
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3楼2009-02-27 17:54:57
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半支烟5591

银虫 (正式写手)

专家
★ ★
JOJOFIY(金币+1):谢谢参与
JOJOFIY(金币+1,VIP+0):这个办法不错，就是我不知道怎样具体实施，可以说的再具体写吗，我的原子数比较多 2-27 19:54
可以尝试，从小基组一步一步优化，也可以把整个分子分开，优化完一部分后，再添一部分优化，直到最后整个分子优化完毕！
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4楼2009-02-27 19:33:09
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半支烟5591

银虫 (正式写手)

专家
★
JOJOFIY(金币+1,VIP+0):谢谢 2-27 19:55
如果实在不行，就得换服务器了！
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5楼2009-02-27 19:34:47
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半支烟5591

银虫 (正式写手)

专家
★ ★ ★ ★
fegg7502(金币+3,VIP+0):说的对 2-27 20:43
JOJOFIY(金币+1,VIP+0):怎么冻结，希望能指点一下 3-2 15:16
我也只是听导师说过，没具体干过，就是说可以吧大分子拆开，你比如说先弄个7个碳原子的长链优化，找到稳定构型后，再在图形软件里，把苯环什么的加上去，再优化，之后再加余下的部分，直到分子全部对完，少量多次，这样的话比较麻烦但对付大分子有用，因为一下给个大分子不是找不到稳定构型就是你说的这种情况。还一种方法有说是可以把分子的一部分先冻结，再优化，减少计算量！你可以试试，做科学吗！
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6楼2009-02-27 20:13:54
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fegg7502
★ ★
JOJOFIY(金币+1):谢谢参与
JOJOFIY(金币+1,VIP+0):？路过么 3-2 15:17
7楼2009-02-27 20:44:05
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
JOJOFIY(金币+1):谢谢参与
JOJOFIY(金币+1,VIP+0):多么希望能得到详细指点啊 3-2 15:18
核心部位用量化，外层用分子力学手段。
赞一下(3人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2009-02-28 17:46:00
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ustc

金虫 (著名写手)
★
JOJOFIY(金币+1):谢谢参与
多大的分子，展现一下，看看大家是否可以帮得上忙的
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9楼2009-03-02 16:53:11
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hzzx

铜虫 (小有名气)
★
JOJOFIY(金币+1):谢谢参与
MM+QM
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哎。。苦恼啊。。。
10楼2009-04-15 23:30:41
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