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qingxiong

木虫 (正式写手)

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[交流] ESTs的定义

ESTs（Expressed Sequence tags）是从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆，从5’末端或3’末端对插入的cDNA进行一轮单向自动测序，所获得的约60-500bp的一段cDNA序列。

ESTs的产生：从特定的状态的组织或细胞中分离mRNA，将mRNA逆转录成cDNA亚克隆到载体中，利用载体上的引物对插入片段测序测序出来的片段结果即称为ESTs(expressed sequence tags)。

EST 的产生过程注定其具有以下特性：
1、由于是单次测序结果，序列的精确度较低，存在较多错误。(大约2% error，HGP 错误率标准是<0.01%)；
2、重复结果多，不同EST‘s t往往来自同一个基因；
3、大部分EST序列来IMAGE consortium
IMAGE consortium的序列在Washington university的基因组测序中心测序，占GENEBANK中EST库的大半，较为可靠。大部分dbEST都有IMAGE ID，描述其组织或细胞来源，测序情况。由于这些特性，导致目前EST面临的最大问题是序列质量不高，存在：
1、缺失、替代、插入等变异（与mRNA相比）；
2、测序中的错误引发大约1.5%的利用oligoT产生的EST无法与已知的mRNA的3端比对上；
3、倒置（5端和3端弄反，插入克隆载体时出错）；
4、嵌合EST（5端和3端来自不同mRNA）因此，在对EST做Blast时最好用BlastX和Tblastx

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