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Myprayert

木虫 (正式写手)

[求助] 各位大神看看这个脚本哪里错了,十分感谢 已有2人参与

######################################
# Input file for dislocation nucleation in single crystal Al
# Mark Tschopp, July 2010
# lmp_exe < Al_SC_100.in
######################################

######################################
# INITIALIZATION
units                 metal
dimension                3
boundary                p        p        p
atom_style                atomic

######################################
# ATOM BUILD
lattice                fcc 4.05
region                whole block 0 10 0 10 0 10
create_box                1 whole

region                sc block INF INF INF INF INF INF units box
lattice                 fcc 4.05 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1
create_atoms        1 region sc

variable natoms equal "count(all)"
print "# of atoms are: ${natoms}"

######################################
# INTERATOMIC POTENTIAL
pair_style        eam/alloy
pair_coeff        * * Al99.eam.alloy Al

# Define computes required
compute csym all centro/atom

######################################
# EQUILIBRATION
reset_timestep        0
timestep 0.001
velocity all create 300 12345 mom yes rot no
fix 1 all npt 300 300 1 xyz 0 0 1 drag 1

# Set thermo output
thermo 100
thermo_style custom step lx ly lz press pxx pyy pzz pe temp

# Run for at least 10 picosecond (assuming 1 fs timestep)
run 10000
unfix 1

# Store final cell length for strain calculations
variable tmp equal "lx"
variable L0 equal ${tmp}
print "Initial Length, L0: ${L0}"

######################################
# DEFORMATION
reset_timestep        0

fix                1 all npt 300 300 1 aniso NULL NULL 0 0 0 0 1 drag 1
variable srate equal 1.0e9
variable srate1 equal "v_srate / 1.0e12"
fix                2 all deform 1 x erate ${srate1} units box remap x

# Output strain and stress info to file
# for units metal, pressure is in [bars] = 100 [kPa] = 1/10000 [GPa]
# p2, p3, p4 are in GPa
variable strain equal "(lx - v_L0)/v_L0"
variable p1 equal "v_strain"
variable p2 equal "-pxx/10000"
variable p3 equal "-pyy/10000"
variable p4 equal "-pzz/10000"
fix def1 all print 100 "${p1} ${p2} ${p3} ${p4}" file Al_SC_100.def1.txt screen no

# Dump coordinates to file (for void size calculations)
dump                 1 all custom 2500 dump.* x y z c_csym

# Display thermo
thermo         100
thermo_style        custom step v_strain temp v_p2 v_p3 v_p4 ke pe press

run                150000

######################################
# SIMULATION DONE
print "All done"
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cl1994861

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
Myprayert: 金币+1 2017-11-30 19:56:04
Myprayert: 金币+2 2017-11-30 22:11:32
你好歹说一下运行后出现的error提示啊,这样光给个脚本,大家怎么找毛病,难道还一句句读你的程序?
2楼2017-11-29 17:32:00
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Myprayert

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cl1994861 at 2017-11-29 17:32:00
你好歹说一下运行后出现的error提示啊,这样光给个脚本,大家怎么找毛病,难道还一句句读你的程序?

不好意思,运行过程我已经关了,只是知道fix                1 all npt 300 300 1 aniso NULL NULL 0 0 0 0 1 drag 1   程序就运行到这里,说错了。
3楼2017-11-29 19:26:32
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
Myprayert: 金币+2 2017-11-30 19:55:39
引用回帖:
3楼: Originally posted by Myprayert at 2017-11-29 19:26:32
不好意思,运行过程我已经关了,只是知道fix                1 all npt 300 300 1 aniso NULL NULL 0 0 0 0 1 drag 1   程序就运行到这里,说错了。...

300 300 后面的1改大一些试试,比如500
4楼2017-11-30 08:45:13
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cl1994861

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Myprayert at 2017-11-29 19:26:32
不好意思,运行过程我已经关了,只是知道fix                1 all npt 300 300 1 aniso NULL NULL 0 0 0 0 1 drag 1   程序就运行到这里,说错了。...

300后面的1是不是大了(一般是100个timestep,我看你timestep是0.001,你确定取这么小?),aniso后面格式错了,建议自己去官网详细看fix npt 这个命令吧
5楼2017-11-30 09:07:18
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Myprayert

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jluchemlib at 2017-11-30 08:45:13
300 300 后面的1改大一些试试,比如500...

好的   谢谢
6楼2017-11-30 19:49:22
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Myprayert

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by cl1994861 at 2017-11-30 09:07:18
300后面的1是不是大了(一般是100个timestep,我看你timestep是0.001,你确定取这么小?),aniso后面格式错了,建议自己去官网详细看fix npt 这个命令吧...

好的   我再看看  谢谢
7楼2017-11-30 19:51:43
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