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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 保守序列寻找
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纸鸢花

金虫 (正式写手)

[交流] 保守序列寻找

已知一段相对保守的序列，设为模块，想在全基因组或者一大段序列中，需找其中基因启动子区域可能存在这个模块的基因，如何寻找，有什么网站可以，或者需要设置什么参数，谢谢
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每天动一动，收点金币就行了
1楼 2017-11-23 10:23:58
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匿名

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7楼2017-11-26 14:19:51
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gengxin60
2楼2017-11-24 10:49:33
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defte

新虫 (小有名气)
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我也在做启动子，一般ncbi查到基因后，往前加1000bp左右，两个基因之间的序列，属于启动子区域

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3楼2017-11-24 11:26:53
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匿名

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4楼2017-11-24 21:58:38
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纸鸢花

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 青蛙快飞 at 2017-11-24 21:58:38
promoter scan，浏览器搜一下就有了

不是寻找启动子，是寻找哪些启动子含有我说需要的保守模块
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5楼2017-11-26 14:12:26
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纸鸢花

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by defte at 2017-11-24 11:26:53
我也在做启动子，一般ncbi查到基因后，往前加1000bp左右，两个基因之间的序列，属于启动子区域

不是寻找启动子，是寻找哪些启动子含有我所需要的目的模块
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6楼2017-11-26 14:13:21
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yuangauss

铁虫 (初入文坛)
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启动子有专门预测启动子上顺式作用元件的网页或软件，不太懂你说的启动子上的模块是不是这个意思
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8楼2017-11-30 22:52:13
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纸鸢花

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 青蛙快飞 at 2017-11-26 14:19:51
你的意思是说含有保守序列的启动子，还是说在给定序列中哪些地方含有保守序列？

是想在全基因组中，搜寻哪些基因的启动子含有这个保守的序列，也就是分析潜在的靶基因
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9楼2017-12-01 11:12:28
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纸鸢花

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by yuangauss at 2017-11-30 22:52:13
启动子有专门预测启动子上顺式作用元件的网页或软件，不太懂你说的启动子上的模块是不是这个意思

就是已知保守序列，想知道还有哪些启动子含有这个保守的序列
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10楼2017-12-01 11:13:17
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