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ithn

新虫 (初入文坛)

[交流] 请问做细菌功能基因组,3-5K的片段总是连不上载体是怎么回事呢?

选用的载体是pZ,用线性化引物扩出来之后切胶回收2k多的那条带,然后进行去磷酸化。
DNA方面我做了几组对照:
(1)已知目的基因的pcr产物(大小900bp左右; r taq酶扩增,有加A尾)
(2)已知目的基因的pcr产物(大小2.7kb左右; ex taq酶扩增,有加A尾)
(3)已知目的基因的pcr产物(大小2.7kb左右; KOD酶扩增,不加尾,平端)
(4)Covaris片段打碎仪打碎的片断(大小3-5K)
(5)Sau3AI酶切产物(DNA基因组)(条带弥散,大多集中在3-5K)
将上述有加尾的DNA片段都经过END-IT末端修复酶处理(lucigen),纯化后所有5组DNA都与载体连接,用的是FAST-LINK连接酶(lucigen),连接产物纯化后扩插入片段。
结果:只有第一组的900bp左右产物能顺利连上;第二、三组在2k-3k区域有片段,但大小不对,电转后涂板挑菌摇菌提模板后扩插入片段,无条带,证明不是目的片段。
请问有大神可以帮我看下哪里出问题了吗?
论坛新手,没有金币,抱歉了各位!
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