应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 心得、技巧、经验分享 » lammps的neb计算的Cannot use NEB with a single replica 解决办法
111/1返回列表
查看: 1945  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

chinaboy798

银虫 (小有名气)
已领完
lammps的neb计算的Cannot use NEB with a single replica 解决办法
领取红包 (小木虫手机app专属红包)

扫一扫，下载小木虫客户端

发现很多人在问这个问题，自己解决掉了，拿到这里来分享，希望给同样问题的人方便。

neb计算一般需要4个文件，至少（括号里是lammps自带的算例）。第一个就是初始原子结构（initial.hop1），第二个是最终原子结构（final.hop1），一个是势函数（Si.sw），一个是in文件（in.neb.hop1）。

出现标题的问题，就是运行的时候提交任务的命令没设置对。

用这个命令行（我是在超算中心提交，大家具体的硬件情况自己举一反三）  yhrun -p TH_SR1 -n 12 lmp_mk -partition 12x1 -in in.neb.hop1

重点是 “-n 12 ”  和 “ -partition 12x1” ，如果是设置的12个核， 后面的两个数乘积要等于12.  因为算例只有一个态，所以 是12x1. 如果有两个预设的态，应该是6x2，我猜测，还没测试。注意中间这个乘号，不能用 “*”号。我是直接复制过去粘贴的。 可能是我自己犯的低级错误，作为借鉴吧。

还有一个大家可能总是出错的原因是用windows下面的lammps程序算，我估计必须要用lmp_mpi.exe 加上并行命令行才能算，反正lmp_serial.exe是整不对的。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2017-11-12 12:57:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
pandongzi2楼
2017-11-12 12:58   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
jerry_19853楼
2017-11-12 12:58   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
SOLOMON KANE4楼
2017-11-12 12:58   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
吴远东1013145楼
2017-11-12 12:58   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
翻译润色论文6楼
2017-11-12 12:59   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
汇百川7楼
2017-11-12 12:59   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
舞老三8楼
2017-11-12 13:00   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
hbabc9楼
2017-11-12 13:02   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
薄雾微雨10楼
2017-11-12 13:03   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
1588147057111楼
2017-11-12 13:04   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
相关版块跳转 我要订阅楼主 chinaboy798 的主题更新
111/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 272分材料子求调剂 +19 Loy0361 2026-04-10 25/1250 2026-04-10 19:02 by dick_runner
[考研] 22408调剂求助 +5 毂12 2026-04-09 7/350 2026-04-10 16:32 by 高维春
[考研] 282，电气工程专业，求调剂，不挑专业 +9 jggshjkkm 2026-04-10 9/450 2026-04-10 14:55 by 逆水乘风
[考研] 材料复试求调剂 +20 xhhdjdjsjks 2026-04-09 20/1000 2026-04-10 10:25 by 孙小小12457
[考研] 工科273调剂 +5 X1999 2026-04-09 6/300 2026-04-10 07:52 by 1753564080
[考研] 已调剂 +18 柴郡猫_ 2026-04-09 19/950 2026-04-09 22:10 by 柴郡猫_
[考研] 0703化学 +31 妮妮ninicgb 2026-04-04 35/1750 2026-04-09 21:06 by zhouxiaoyu
[考研] 269电子信息求调剂，可转专业 +9 独酌wl 2026-04-06 9/450 2026-04-09 20:55 by laoshidan
[考研] 调剂 +19 2261744733 2026-04-08 19/950 2026-04-09 19:11 by vgtyfty
[考研] 311求调剂 +6 surte 2026-04-08 13/650 2026-04-09 14:00 by surte
[考研] 一志愿北京2，材料与化工308求调剂 +17 熊二想上岸 2026-04-04 18/900 2026-04-09 09:13 by leyan1127
[考研] 286求调剂 +19 Faune 2026-04-08 20/1000 2026-04-09 08:36 by 哦哦123
[考研] 土木水利专硕276分求调剂 +6 我想上学！！6 2026-04-05 9/450 2026-04-08 17:45 by 宋小宝HQ
[考研] 277求调剂 +4 考研调剂lxh 2026-04-06 6/300 2026-04-08 10:40 by 逆水乘风
[考研] 307求调剂 +14 超级伊昂大王 2026-04-06 14/700 2026-04-08 07:03 by 无际的草原
[考研] 计算机11408 287 求调剂 +3 LiLe5 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:15 by shanqishi
[考研] 22408 318分求调剂 +4 勤奋的小笼包 2026-04-06 6/300 2026-04-07 15:05 by 纸鹤555
[考研] 求调剂 +11 xzghyuj 2026-04-04 11/550 2026-04-06 11:49 by lijunpoly
[考研] 一志愿9材料学硕297已过六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-04-04 12/600 2026-04-05 19:04 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿南农090401，268，求调剂 +5 一木鸟然 2026-04-04 5/250 2026-04-04 17:07 by babysonlkd
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭