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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 心得、技巧、经验分享 » lammps的neb计算的Cannot use NEB with a single replica 解决办法
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chinaboy798

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lammps的neb计算的Cannot use NEB with a single replica 解决办法
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发现很多人在问这个问题，自己解决掉了，拿到这里来分享，希望给同样问题的人方便。

neb计算一般需要4个文件，至少（括号里是lammps自带的算例）。第一个就是初始原子结构（initial.hop1），第二个是最终原子结构（final.hop1），一个是势函数（Si.sw），一个是in文件（in.neb.hop1）。

出现标题的问题，就是运行的时候提交任务的命令没设置对。

用这个命令行（我是在超算中心提交，大家具体的硬件情况自己举一反三）  yhrun -p TH_SR1 -n 12 lmp_mk -partition 12x1 -in in.neb.hop1

重点是 “-n 12 ”  和 “ -partition 12x1” ，如果是设置的12个核， 后面的两个数乘积要等于12.  因为算例只有一个态，所以 是12x1. 如果有两个预设的态，应该是6x2，我猜测，还没测试。注意中间这个乘号，不能用 “*”号。我是直接复制过去粘贴的。 可能是我自己犯的低级错误，作为借鉴吧。

还有一个大家可能总是出错的原因是用windows下面的lammps程序算，我估计必须要用lmp_mpi.exe 加上并行命令行才能算，反正lmp_serial.exe是整不对的。
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1楼 2017-11-12 12:57:37
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pandongzi2楼
2017-11-12 12:58   回复  
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jerry_19853楼
2017-11-12 12:58   回复  
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SOLOMON KANE4楼
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吴远东1013145楼
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翻译润色论文6楼
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汇百川7楼
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舞老三8楼
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hbabc9楼
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薄雾微雨10楼
2017-11-12 13:03   回复  
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1588147057111楼
2017-11-12 13:04   回复  
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