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chinaboy798

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lammps的neb计算的Cannot use NEB with a single replica 解决办法
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发现很多人在问这个问题,自己解决掉了,拿到这里来分享,希望给同样问题的人方便。

neb计算一般需要4个文件,至少(括号里是lammps自带的算例)。第一个就是初始原子结构(initial.hop1),第二个是最终原子结构(final.hop1),一个是势函数(Si.sw),一个是in文件(in.neb.hop1)。

出现标题的问题,就是运行的时候提交任务的命令没设置对。

用这个命令行(我是在超算中心提交,大家具体的硬件情况自己举一反三)  yhrun -p TH_SR1 -n 12 lmp_mk -partition 12x1 -in in.neb.hop1

重点是 “-n 12 ”  和 “ -partition 12x1” ,如果是设置的12个核, 后面的两个数乘积要等于12.  因为算例只有一个态,所以 是12x1. 如果有两个预设的态,应该是6x2,我猜测,还没测试。注意中间这个乘号,不能用 “*”号。我是直接复制过去粘贴的。 可能是我自己犯的低级错误,作为借鉴吧。

还有一个大家可能总是出错的原因是用windows下面的lammps程序算,我估计必须要用lmp_mpi.exe 加上并行命令行才能算,反正lmp_serial.exe是整不对的。
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pandongzi2楼
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hbabc9楼
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