应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 心得、技巧、经验分享 » lammps的neb计算的Cannot use NEB with a single replica 解决办法
111/1返回列表
查看: 1896  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

chinaboy798

银虫 (小有名气)
已领完
lammps的neb计算的Cannot use NEB with a single replica 解决办法
领取红包 (小木虫手机app专属红包)

扫一扫，下载小木虫客户端

发现很多人在问这个问题，自己解决掉了，拿到这里来分享，希望给同样问题的人方便。

neb计算一般需要4个文件，至少（括号里是lammps自带的算例）。第一个就是初始原子结构（initial.hop1），第二个是最终原子结构（final.hop1），一个是势函数（Si.sw），一个是in文件（in.neb.hop1）。

出现标题的问题，就是运行的时候提交任务的命令没设置对。

用这个命令行（我是在超算中心提交，大家具体的硬件情况自己举一反三）  yhrun -p TH_SR1 -n 12 lmp_mk -partition 12x1 -in in.neb.hop1

重点是 “-n 12 ”  和 “ -partition 12x1” ，如果是设置的12个核， 后面的两个数乘积要等于12.  因为算例只有一个态，所以 是12x1. 如果有两个预设的态，应该是6x2，我猜测，还没测试。注意中间这个乘号，不能用 “*”号。我是直接复制过去粘贴的。 可能是我自己犯的低级错误，作为借鉴吧。

还有一个大家可能总是出错的原因是用windows下面的lammps程序算，我估计必须要用lmp_mpi.exe 加上并行命令行才能算，反正lmp_serial.exe是整不对的。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2017-11-12 12:57:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
pandongzi2楼
2017-11-12 12:58   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
jerry_19853楼
2017-11-12 12:58   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
SOLOMON KANE4楼
2017-11-12 12:58   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
吴远东1013145楼
2017-11-12 12:58   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
翻译润色论文6楼
2017-11-12 12:59   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫IOS客户端
汇百川7楼
2017-11-12 12:59   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
舞老三8楼
2017-11-12 13:00   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
hbabc9楼
2017-11-12 13:02   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
薄雾微雨10楼
2017-11-12 13:03   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
1588147057111楼
2017-11-12 13:04   回复  
chinaboy798(金币+1): 谢谢参与
已获得1个金币 发自小木虫Android客户端
相关版块跳转 我要订阅楼主 chinaboy798 的主题更新
111/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭