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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】关于gaussian进行全势能面扫描
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于gaussian进行全势能面扫描

请问怎样通过gaussian进行某一个分子的全势能面扫描，分子本身柔性较大，是想通过势能面扫描找出这个分子近可能多的能量极小值点。也可以说是通过gaussian做构象搜索。gaussian的关键词是什么？谢谢
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1楼 2009-02-23 15:24:07
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才
★ ★ ★ ★
fegg7502(金币+3,VIP+0):thank you very much! 2-23 18:55
wuhanhgf2002(金币+1,VIP+0):谢谢帮助 2-24 08:20
你设置扫描步长的时候设置小点，然后应该可以得到稍微多的能量的极小值（根据不同分子选取不同的机组），势能扫描的关键词是   Scan
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我想做个科学家，可我又喜欢写诗；我想做一个诗人，可我却读的理工科..
2楼2009-02-23 15:47:17
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★
wuhanhgf2002(金币+1,VIP+0):谢谢帮助 2-24 08:20
同样使用scan命令，但是将所有变量同时写上步数和步长，如
   B1             0.96000000 5 0.1
   B2             1.32000000 5 0.1
   B3             0.96000000 5 0.1  （上述三个变量组合共已计算6^3次）
......
由于全势能面扫描十分昂贵，不可能维数太大，即便直接写起来也不会麻烦。建议计算前估算好成本，体系较大时应考虑用分子力学方法。
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3楼2009-02-24 00:48:33
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
%chk=24.chk
%mem=6000Mb
%nproc=8
# hf/6-31G(d) Scan

24

0 1
C
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
C                  3              B3    2              A2    1              D1
C                  4              B4    3              A3    2              D2
C                  5              B5    4              A4    3              D3
C                  4              B6    3              A5    2              D4
N                  7              B7    4              A6    3              D5
C                  8              B8    7              A7    4              D6
C                  8              B9    7              A8    4              D7
C                 10             B10    8              A9    7              D8
Cl                11             B11   10             A10    8              D9
N                 10             B12    8             A11    7             D10
C                 13             B13   10             A12    8             D11
......
   B1             1.55337988
   B2             1.55305964
   B3             1.50322550
   B4             1.33365668
   B5             1.50294001
   B6             1.46900189
   B7             1.34833815
   B8             1.34791174
   B9             3.73030674
   B10            1.39948584
   B11            1.75133974
   B12            1.42370152
......
   A1           110.31189884
   A2           109.65866564
   A3           124.86431509
   A4           124.88428582
   A5           127.92164153
   A6           108.00131704
   A7           109.55510261
   A8           139.19939943
   A9           100.76018907
   A10          120.59338316
   A11          139.04213652
   A12          121.60653670
   A13           18.58037487
   A14          120.81268027
......
   D1            46.30149095
   D2           -15.62915015
   D3             0.18092845
   D4           164.33256795
   D5          -179.91645262
   D6            -0.32644033
   D7          -161.73342185
   D8           -51.98122599
   D9           179.50374347
   D10          131.06479233
   D11           40.53620616
   D12          119.78813584
   D13           -3.52563715
   D14           -3.35425838
   D15           -1.09464264
......

1 2 1.0 6 1.0 34 1.0 35 1.0
2 3 1.0 36 1.0 37 1.0
3 4 1.0 38 1.0 39 1.0
4 5 2.0 7 1.0
5 6 1.0 9 1.0
6 40 1.0 41 1.0
7 8 1.5 20 2.0
8 9 1.5 16 1.0
9 19 2.0
10 11 1.5 13 1.0 15 1.5
11 12 1.0 18 1.5
12
......

D2  -49.35 720 0.5
D9 -136.28 720 0.5


大家能不能帮我看看这样写对吗？我是想扫描某一个分子中的两个二面角
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4楼2009-02-24 08:20:02
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢！ 2-25 23:21
wuhanhgf2002(金币+1,VIP+0):太感谢了 2-27 08:26
扫描的变量不要单独写，而应当写在定义内坐标变量的部分
即把内坐标变量部分D2           -15.62915015改为D2  -49.35 720 0.5，最后的D2  -49.35 720 0.5就删掉了，D9亦如此

要注意总共会计算519841个点，如果一分钟算一个点需要算一年，最好减小步数，改用半经验或分子力场。

[ Last edited by sobereva on 2009-2-26 at 04:44 ]
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5楼2009-02-25 16:18:24
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子
★ ★
mingdong(金币+2,VIP+0):非常感谢！ 2-27 19:03
相对于扫描计算来说，楼主的分子太大，扫描势能面没有意义（或者说是不可能完成的任务）。
建议：在认真观察自己的计算体系的构象的前提下，先自己分析可能的几种重要构象态。第二步，用较小基组优化分别优化各不同构象。第三步，在第二步的基础上，用大基组优化各构象态，以得到几个相对合理的局部能量极小点的对应结构。
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愿好运与快乐伴随你！
6楼2009-02-27 09:06:06
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wuhanhgf2002

金虫 (正式写手)
我刚才试了 sobereva  的建议，但是出错了，出错信息是：
  D19                 -14.07066
  D20                 167.77682
  D21                 -14.69804
WANTED A FLOATING POINT NUMBER AS INPUT.
  FOUND AN INTEGER AS INPUT.
D22          -49.35365606 72 5
Error termination via Lnk1e in /usr/local/g03/l101.exe at Thu Feb 26 19:00:09 2009.
请问是什么原因啊，我试着扫描某一个键长，是没有问题的，但是二面角的势能面扫描就出错了。

另外，非常感想quantumor  的建议，请问如果我用半经验或者分子力学的方法进行扫描是不是可以快一些呢？
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7楼2009-02-27 11:01:18
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madonion

金虫 (正式写手)
★
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢！ 2-27 19:03
WANTED A FLOATING POINT NUMBER AS INPUT.
  FOUND AN INTEGER AS INPUT.
需要输入浮点数，把5改成5.0。
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8楼2009-02-27 11:30:05
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hzzx

铜虫 (小有名气)
★
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢！ 4-16 06:32
半经验或者分子力学的方法进行扫描或者先根据自己的推算和一些常识固定一部分，扫描一部分
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哎。。苦恼啊。。。
9楼2009-04-15 23:36:18
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