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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 用vasp计算，neb方法找过渡态，能垒高的构像老是跑偏
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majun04

木虫 (著名写手)

majun

[求助] 用vasp计算，neb方法找过渡态，能垒高的构像老是跑偏

用vasp自带的neb方法找过渡态，乙腈水解（为的是节省计算时间），目的是熟悉一下vasp找过渡态的方法，以便于用vasp研究目前课题的反应机理。
第一个INCAR：
SYSTEM=O the first job of majun
ISMAER=0
SIGMA=0.01
ENCUT=400
NSW=500
IBRION=3
POTIM=0.05
SPRING=-5
IMAGES=8
EDIFF=1E-05
EDIFFG=-0.05
ISPIN=1
计算开始后第四个image很快突出，并且越来越突出，可是后来第三个点的能量起来了，超过了第四个点，到了后来第三个点的能量相对于第二个点也不突出了。感觉不对，杀掉文件。
在第二个INCAR在incar-1的基础上修改参数IMAGES=4（提供了新的构象文件）; EDIFFG=-0.1; 增加参数LCLIMB=.TRUE.
计算开始后第三个点很快突出，并且越来越突出，可是后来第三个点的能量下降，第二个点能量增加，并超过了第三个点，然后一直处于领先优势。为啥？！用vesta看发现时第三个点自己构想明显朝着末态方向变化了，堕落了。能量也是越来越接近最后一个image点的能量。这个时候发现第二个点的能量也在下降，构像也有变化。最后第二个image点的能量越来越低，结构越来越接近初始态结构，失败了。
第三个INCAR在第二个incar-2的基础上，增加参数：IOPT=3
吃饭回来后，发现nebdf.pl后，输出的能量都接近零了，失败了。

一直在用Gaussian，这是第一次用vasp找过渡态，请高手帮忙看看是怎么回事啊？谢谢！
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1楼 2017-11-07 12:46:17
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hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。 2017-12-31 23:38:02
VASP自带的neb不是这么玩的，建议编译时加入VTST第三方代码，然后按CNEB去玩，另外，找个简单问题体验一下，譬如表面上原子扩散之类的，再弄复杂些的；如果是分子反应，不建议用vasp，建议用Gaussian之类的更好些
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majun04
2楼2017-11-07 17:22:22
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majun04

木虫 (著名写手)

majun
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2017-11-07 17:22:22
VASP自带的neb不是这么玩的，建议编译时加入VTST第三方代码，然后按CNEB去玩，另外，找个简单问题体验一下，譬如表面上原子扩散之类的，再弄复杂些的；如果是分子反应，不建议用vasp，建议用Gaussian之类的更好些

谢谢你的回复
请问，这个自带的neb是应该怎么调用?您能帮我写一个INCAR吗？
还有就是如果我想知道一下我用的服务器上有没有编译好CNEB，请问应该怎么测试一下啊，或者输入什么命令看一下才好。

我现在是想着节省计算时间，熟悉一下vasp，不是用vasp找有机小分子的反应过渡态。这个就是练习用的，
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3楼2017-11-07 17:32:33
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majun04

木虫 (著名写手)

majun
以前是用gaussian计算均想反应机理的。因为gaussian计算块体不是强项，周期性的块体表面也解决不了。现在在学vasp，期望解决块体表面催化反应机理。这两天很困惑，我选择得体系都是比较普通的，难道是有什么问题？还有因为刚刚开始用vasp，服务器上没有进行任何编译，现在想着先走通一个过渡态，感觉一下vasp计算反应机理是怎么回事。
现请教大家：
第一， 用vasp找过渡态，如果在比较明确过渡态的结构了，是不是用dimer方法比neb方法要节省时间？
第二， 那么用dimer方法时候，需要MODECAR，这个modecar又需要两个POSCAR, 这两个POSCAR分别对应与一个是反应初始态构象，一个是你设计的过渡态构象？
第三， 对于vasp而言如果自带的neb不好用，是不是用cl-neb是必须要编译，这个cl-neb不是vasp开发的，是vtst开发的，这个需要版权吗？是不是网上随便下载就可以拿来用。
第四，如果用dimer方法找过渡态，是不是也得先对vsap进行编译？
第五，前天把以前用gaussian算过得过渡态，有机小分子得，用vasp自带得neb方法找，images=8，都找不到。考虑到vasp不善于计算有机小分子，昨天用vasp自带的neb计算金属Pd分解氢气得过渡态NSW=250，都没有给出结果。
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4楼2017-11-09 09:54:06
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蜜瓜呱呱

新虫 (初入文坛)
先用NEB粗跑，得到大概的过渡态结构图，再用dimer

发自小木虫Android客户端
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5楼2017-11-09 15:40:41
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hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
majun04(franch代发): 金币+15, 谢谢回帖交流。 2018-01-04 11:08:01
引用回帖:
3楼: Originally posted by majun04 at 2017-11-07 18:32:33
谢谢你的回复
请问，这个自带的neb是应该怎么调用?您能帮我写一个INCAR吗？
还有就是如果我想知道一下我用的服务器上有没有编译好CNEB，请问应该怎么测试一下啊，或者输入什么命令看一下才好。

我现在是想着节 ...

1.不建议用VASP自带的NEB，找TS命中率不理想（VASP自带的TS搜索方法只有NEB和DIMER，其它都是第三方的）
2.建议CINEB，或VASP新版自带的DIMER（和VTST的dimer不同，这个手册里有详细使用说明，不需要MODCAR！）
3.是否加入VTST，你可以查一下编译时源代码里有没有VTST里的文件，或问一下编译的人，或按CINEB跑一下，查OUTCAR里关于NEB的信息，是否有CINEB
4.NEB类的方法需要并行，且计算核心数一定是插入image的倍数；dimer、lanczos(VTST)不需要并行，单个核心就可以算
5.用VTST的TS搜索方法，要好好消化一下Henkelmann网站上的说明，采用力收敛标准时，不同TS优化方法有不同参数组合
6.Henkelmann也分享了许多python脚本，很实用，他网站上可直接下载
7.网上有许多CINEB使用的例子，可以下来参考
8.Henkelmann主页上有一个论坛链接，注册一下，可以看到许多VTST的讨论
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6楼2017-11-19 20:43:27
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majun04

木虫 (著名写手)

majun
引用回帖:
6楼: Originally posted by hakuna at 2017-11-19 20:43:27
1.不建议用VASP自带的NEB，找TS命中率不理想（VASP自带的TS搜索方法只有NEB和DIMER，其它都是第三方的）
2.建议CINEB，或VASP新版自带的DIMER（和VTST的dimer不同，这个手册里有详细使用说明，不需要MODCAR！）
...

谢谢你，现在用的是DIM，想给你评分，不知道怎么给啊
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7楼2017-12-26 15:20:23
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