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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求助：用于DGGE的v3区扩增问题
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icicle_me

铜虫 (初入文坛)

[交流] 求助：用于DGGE的v3区扩增问题

用BSF338（含GC夹子）和BSR534扩增v3区，目的片段200bp左右，2%琼脂糖电泳，但扩增后总有一条与目的片段相差不大（20bp左右）的片段在一起，改善退火温度，也没改善。亲缘关系比较远的v3区差别似乎也没有这么大啊，有没有哪位高手，有过类似经验，如何解决

[ Last edited by 350784478 on 2009-8-17 at 17:06 ]
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1楼 2009-02-20 13:25:25
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icicle_me

铜虫 (初入文坛)
没有人知道吗
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2楼2009-02-21 13:15:17
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xiadongliang

金虫 (正式写手)
★
icicle_me(金币+1,VIP+0):谢谢 3-9 18:06
你做的什么材料的DGGE啊？
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3楼2009-02-21 16:25:22
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icicle_me

铜虫 (初入文坛)
是从土壤样品中提取的细菌总DNA
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4楼2009-02-21 16:31:37
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hharl

铜虫 (初入文坛)
★
icicle_me(金币+1,VIP+0):谢谢 3-9 18:07
是不是点样孔有气泡，
还有你提取DNA方法是参照谁的？
这也有关系
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5楼2009-02-21 19:21:31
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icicle_me

铜虫 (初入文坛)
应该不是气泡问题，因为多次都出现双带
DNA的提取方法参照的周集中的文章，采用的直接法
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6楼2009-02-21 20:41:24
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smallcat227

木虫 (著名写手)
★
icicle_me(金币+1,VIP+0):谢谢 3-9 18:07
20bp的差距你怎么看出来的，用的什么mark，应该确定不是引物二聚体吧
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7楼2009-02-22 10:29:17
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icicle_me

铜虫 (初入文坛)
不是二聚体，电泳显示有两个相聚很近的条带，距离很近，估计相差20bp左右
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8楼2009-02-22 15:11:17
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shopping7807

铁虫 (初入文坛)
我也碰到楼主相同的问题
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9楼2009-08-15 23:21:54
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gfxmu

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
20bp的片段应该不能够从2%琼脂糖胶上判断出来吧

如果是土壤样品DNA而不是纯菌的话，这里面的菌多样性高，有些细菌的扩增产物并非都是200bp的（似乎是190+bp），有些会更短或更长一些。根据本人的经验，有的会在除去GC夹子后仅余150bp的
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10楼2009-08-16 00:18:04
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