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icicle_me

铜虫 (初入文坛)

[交流] 求助:用于DGGE的v3区扩增问题

用BSF338(含GC夹子)和BSR534扩增v3区,目的片段200bp左右,2%琼脂糖电泳,但扩增后总有一条与目的片段相差不大(20bp左右)的片段在一起,改善退火温度,也没改善。亲缘关系比较远的v3区差别似乎也没有这么大啊,有没有哪位高手,有过类似经验,如何解决

[ Last edited by 350784478 on 2009-8-17 at 17:06 ]
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icicle_me

铜虫 (初入文坛)

没有人知道吗
2楼2009-02-21 13:15:17
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xiadongliang

金虫 (正式写手)


icicle_me(金币+1,VIP+0):谢谢 3-9 18:06
你做的什么材料的DGGE啊?
3楼2009-02-21 16:25:22
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icicle_me

铜虫 (初入文坛)

是从土壤样品中提取的细菌总DNA
4楼2009-02-21 16:31:37
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hharl

铜虫 (初入文坛)


icicle_me(金币+1,VIP+0):谢谢 3-9 18:07
是不是点样孔有气泡,
还有你提取DNA方法是参照谁的?
这也有关系
5楼2009-02-21 19:21:31
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icicle_me

铜虫 (初入文坛)

应该不是气泡问题,因为多次都出现双带
DNA的提取方法参照的周集中的文章,采用的直接法
6楼2009-02-21 20:41:24
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smallcat227

木虫 (著名写手)


icicle_me(金币+1,VIP+0):谢谢 3-9 18:07
20bp的差距你怎么看出来的,用的什么mark,应该确定不是引物二聚体吧
7楼2009-02-22 10:29:17
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icicle_me

铜虫 (初入文坛)

不是二聚体,电泳显示有两个相聚很近的条带,距离很近,估计相差20bp左右
8楼2009-02-22 15:11:17
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shopping7807

铁虫 (初入文坛)

我也碰到楼主相同的问题
9楼2009-08-15 23:21:54
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gfxmu

新虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
20bp的片段应该不能够从2%琼脂糖胶上判断出来吧

如果是土壤样品DNA而不是纯菌的话,这里面的菌多样性高,有些细菌的扩增产物并非都是200bp的(似乎是190+bp),有些会更短或更长一些。根据本人的经验,有的会在除去GC夹子后仅余150bp的
10楼2009-08-16 00:18:04
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