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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化图形可视化软件 » 虚原子，固定3个原子在同一条直线下进行优化，然后失败了
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胡姐姐￥

新虫 (初入文坛)

[求助] 虚原子，固定3个原子在同一条直线下进行优化，然后失败了 已有2人参与

我在优化构型，希望22,27,29在同一条直线上进行优化，可是优化错误显示9999，并且无法再继续。对优化后的构型的22和27的距离进行扫描。这是我的输入文件，请问有什么好的方法再进行优化？有人推荐说opt=modredundant之后在分子说明部分加上关于坐标的限制这种方法可以试一下，可是该怎么操作啊？书我也没看懂


=================================================================================================
%nprocshared=16
%mem=11900MB
%chk=test1.chk
#p opt=(calcall,z-matrix,maxcyc=400) m062x/6-31g(d) geom=connectivity freq

xxxxxx

1 1
C              
C                  1            B1
C                  2            B2    1            A1
C                  3            B3    2            A2    1            D1    0
C                  4            B4    3            A3    2            D2    0
C                  5            B5    4            A4    3            D3    0
C                  4            B6    3            A5    2            D4    0
C                  7            B7    4            A6    3            D5    0
C                  8            B8    7            A7    4            D6    0
C                  7            B9    8            A8    3            D7    0
H                  1           B10    2            A9    3            D8    0
H                  2           B11    1           A10    6            D9    0
H                  5           B12    4           A11    3           D10    0
H                  6           B13    5           A12    4           D11    0
O                  9           B14    8           A13    7           D12    0
O                 10           B15    7           A14    4           D13    0
N                 10           B16    7           A15    4           D14    0
H                 17           B17   10           A16    7           D15    0
N                  7           B18    4           A17    3           D16    0
H                 19           B19    7           A18    4           D17    0
N                  7           B20    4           A19    3           D18    0
N                  8           B21    7           A20    4           D19    0
C                 21           B22    7           A21    4           D20    0
H                 23           B23   21           A22    7           D21    0
H                 23           B24   21           A23    7           D22    0
H                 23           B25   21           A24    7           D23    0
H                 22           B26    8           A25    7           D24    0
X                 27           B27   22     90.000000    7       D25    0
C                 27           B28   28     90.000000   22   -180.000000    0
H                 29           B29   22           A28    8           D27    0
H                 29           B30   22           A29    8           D28    0
N                 29           B31   22           A30    8           D29    0
H                 32           B32   29           A31   22           D30    0
H                 32           B33   29           A32   22           D31    0

   B1             1.37619528
   B2             1.41726476
   B3             1.42434668
   B4             1.40078757
   B5             1.38462037
   B6             2.37065195
   B7             1.43424378
   B8             1.50281849
   B9             2.45945595
   B10            1.08484157
   B11            1.09072045
   B12            1.08252619
   B13            1.08566267
   B14            1.19806660
   B15            1.19805965
   B16            1.37517409
   B17            1.01860062
   B18            1.34978565
   B19            1.01486698
   B20            1.33769190
   B21            1.29630383
   B22            1.47377952
   B23            1.09339318
   B24            1.09006766
   B25            1.08673695
   B26            2.45189383
   B27            4.93381600
   B28            1.09192387
   B29            1.09368068
   B30            1.10361278
   B31            1.45951100
   B32            1.00000000
   B33            1.00000000
   A1           119.27322628
   A2           119.90324334
   A3           119.98021776
   A4           118.76306282
   A5            88.49774059
   A6            88.38328217
   A7           119.42215703
   A8            90.81503102
   A9           119.85870143
   A10          120.98487658
   A11          122.05198817
   A12          118.65962201
   A13          123.46247143
   A14          146.46325558
   A15           87.92140192
   A16          115.48409631
   A17          152.36695482
   A18          122.74353874
   A19           30.75481654
   A20          122.41547660
   A21          119.90500658
   A22          110.39051514
   A23          109.33284282
   A24          108.77292706
   A25          137.08351928
   A28          108.48860242
   A29          109.67003799
   A30          107.06990745
   A31          111.45302110
   A32          110.02840744
   D1            -0.95386644
   D2             1.66649509
   D3            -1.11927991
   D4           178.06679013
   D5             0.06236036
   D6          -179.55414772
   D7           177.97663600
   D8          -179.69308152
   D9           179.27722402
   D10          177.06113362
   D11          179.44408432
   D12         -179.22357358
   D13         -108.91489643
   D14           70.06344768
   D15         -179.78394356
   D16         -175.77703225
   D17            2.34781739
   D18          174.38419320
   D19            0.94246290
   D20         -179.99010471
   D21          -88.87625942
   D22           33.55934657
   D23          150.07518996
   D24          175.80574903
   D25         -126.95014287
   D27           84.73264598
   D28          -33.99463702
   D29         -156.86320766
   D30         -168.40093004
   D31           68.76139017

1 2 2.0 6 1.5 11 1.0
2 3 1.5 12 1.0
3 4 1.5 22 1.5
4 5 1.5 21 1.0
5 6 2.0 13 1.0
6 14 1.0
7 8 1.5 19 1.5 21 1.5
8 9 1.0 22 2.0
9 15 2.0 17 1.0
10 16 2.0 17 1.5 19 1.0
11
12
13
14
15
16
17 18 1.0
18
19 20 1.0
20
21 23 1.0
22
23 24 1.0 25 1.0 26 1.0
24
25
26
27 28 1.0
28 29 1.0 30 1.0 31 1.0
29
30
31 32 1.0 33 1.0
32
33

虚原子，固定3个原子在同一条直线下进行优化，然后失败了
1.png
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1楼 2017-10-17 18:44:41
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xueqingtao

新虫 (正式写手)
9999错误一般为内存不足，如果是TS优化，试试opt=noeigentest，如果单纯优化结构试试opt=calcall，我是这么处理的

发自小木虫IOS客户端
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2楼2017-10-17 19:15:59
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胡姐姐￥

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xueqingtao at 2017-10-17 19:15:59
9999错误一般为内存不足，如果是TS优化，试试opt=noeigentest，如果单纯优化结构试试opt=calcall，我是这么处理的

不是TS优化，opt=calcall这个我试过了，不好使
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3楼2017-10-18 09:46:40
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
9999错误一般是不收敛。

看了一下你计算的分子。你认为是22、27、29形成氢键？但看来应是32、12、2形成氢键，这里的氢键比前者更强些，或者说相比之下前者不能生成氢键。

氢键三原子不一定在一条直线上，由于周边电子的排斥，常是弯曲的。人为地令它成直线，反而不合理，甚至造成不收敛。应去掉虚拟原子，让体系不受干扰地自行优化。
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4楼2017-10-18 14:14:56
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胡姐姐￥

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhou2009 at 2017-10-18 14:14:56
9999错误一般是不收敛。

看了一下你计算的分子。你认为是22、27、29形成氢键？但看来应是32、12、2形成氢键，这里的氢键比前者更强些，或者说相比之下前者不能生成氢键。

氢键三原子不一定在一条直线上，由于 ...

我是要scan 22N-27H之间的距离变化，不过扫描前想先优化一下，但是，一直失败~
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5楼2017-10-18 16:01:42
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胡姐姐￥

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhou2009 at 2017-10-18 14:14:56
9999错误一般是不收敛。

看了一下你计算的分子。你认为是22、27、29形成氢键？但看来应是32、12、2形成氢键，这里的氢键比前者更强些，或者说相比之下前者不能生成氢键。

氢键三原子不一定在一条直线上，由于 ...

想通过虚原子将22-27-29这3个原子固定在一条直线上，优化后的构型再进行扫描。。但是优化这一步都没有完成
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6楼2017-10-18 16:04:18
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zhou2009

版主 (著名写手)
为什么一定是22、27、29在一条直线上，而不是32、12、2了？
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7楼2017-10-18 16:10:03
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胡姐姐￥

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhou2009 at 2017-10-18 16:10:03
为什么一定是22、27、29在一条直线上，而不是32、12、2了？

老师让我这么做的，我也不知道为什么
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8楼2017-10-18 18:27:17
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704865589

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829  这个帖子可以帮你解决
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9楼2017-10-19 09:42:07
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胡姐姐￥

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 704865589 at 2017-10-19 09:42:07
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829  这个帖子可以帮你解决

刚刚点进去，看不了了
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10楼2017-10-20 08:39:19
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