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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】：PBS的qsub是否有类似sync参数的功能？
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madlee

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】：PBS的qsub是否有类似sync参数的功能？

我们需要在一个脚本里提交多个job，后一个job需要等前一个job结束后再运行，因此我们希望qsub提交后能够等待job结束再返回，在SGE里我们找到有相应的-sync参数用于实现该功能，但我们现在需要在一个安装OPEN PBS的系统上实现该功能。请问：OPEN PBS是否有类似的命令参数或命令？
谢谢。
还请大家多多帮忙

[ Last edited by mingdong on 2009-2-19 at 16:58 ]
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1楼 2009-02-19 14:22:16
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ustbmars

铜虫 (小有名气)
★
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢! 2-20 19:41
如果是用多个cpu并行的程序，会涉及到mpi通讯方面的问题，我想会很复杂。若是串行的program，则实现起来比较简单，你可以单独写个带for循环的script

如./run.sh:
for i in ......................
  
do

chmod +x run.sh, 使run.sh成为可执行程序。

然后在pbs的任务脚本文件test.q加入run.sh程序，如：
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
＃!bin/bash
#pbs -l ncpus=1
#pbs -l walltime=24:00:00
#pbs -q yourqueue

cd $PBS_O_WORKDIR
./run.sh
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－

最后qsub test.q, 试试行不行。

[ Last edited by ustbmars on 2009-2-20 at 17:34 ]
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2楼2009-02-20 17:31:44
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
高手啊  学习了! 最近在使用PBS的东西,发现不能批量提交计算,现在才恍然大悟,可以使用循环来处理
赞一下 回复此楼
Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
3楼2009-02-23 07:34:12
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madlee

铜虫 (初入文坛)

谢谢

我写了个waitjob的脚本，在第一个脚本开始的时候生成一个临时文件，然后在它运行结束的时候删除这个文件，然后waitjob就等那个临时文件没有了之后再提交下一个作业
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4楼2009-02-26 16:33:06
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