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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » Autodock对接酶和产物，binding energy极低，可信么
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Ivy尘

新虫 (正式写手)

[求助] Autodock对接酶和产物，binding energy极低，可信么 已有1人参与

新手上路，刚搞懂autodock操作，但是许多参数还不太了解。如题，对接产物1后binding energy低达  -290000，结合点和文献报道的不太一样，这样可信么？对应的底物是 -7.31*e^13
Autodock对接酶和产物，binding energy极低，可信么

产物2对接，binding energy 是6.9, 对应的底物是 -6.1

而且，使用Genetic Algorithm  遗传算法，参数Maximun Number of evals 改为500000，Autodock操作一次可能没结果，但是多打开dlg文件几次，就会多结果，正常么？-290000这个 模型即使第4-5次打开dlg文件，才出现的。

Cluster后，应该选择binding energy最低的模型还是 丰度更高的模型？
Autodock对接酶和产物，binding energy极低，可信么-1
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1楼 2017-10-11 19:08:54
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Ivy尘

新虫 (正式写手)
求大神出没~
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2楼2017-10-11 19:09:35
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
重新设置盒子对接吧
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3楼2017-10-13 09:59:03
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Ivy尘

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by autodockytu at 2017-10-13 09:59:03
重新设置盒子对接吧

怎么选择呢？按照文献倒是可以，但是每次对接结果都会有差异。。。
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4楼2017-10-13 13:59:04
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贵中阿紫

新虫 (初入文坛)
对接盒子的大小

发自小木虫Android客户端
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5楼2022-01-27 18:42:36
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