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弑君体

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助CRISPR-Cas9 引物设计软件 已有1人参与

因为要设计的是链霉菌的，而很多在线设计网站并不能提供，所以希望能够希望大家能够提供一款可以适合任意语种的一款软件。也希望能够得到指点，谢谢。

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crispr-cas9 相关资料 microbiology

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1楼 2017-10-06 18:16:22
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晋鹏

版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+5, 鼓励回帖交流 2017-10-08 09:32:53
在线网站的选择

1、http://crispr.mit.edu/
2、http://www.broadinstitute.org/mpg/crispr_design/
3、http://spot.colorado.edu/~slin/cas9.html
4、http://www.e-crisp.org/E-CRISP/
5、http://zifit.partners.org/ZiFiT/ChoiceMenu.aspx
6、http://cas9.wicp.net/
7、http://cbi.hzau.edu.cn/cgi-bin/CRISPR植物
8、http://crispr.igenetech.com/细菌

靶位点的设计基于以下基本原则：

（1）以 G 开始，这是由 gRNA-puro 载体上的U6 启动子决定的；

（2）尽量避开 GC 富集区域，以防止甲基化对互补配对可能的干扰；

（3）选择特异性位点，降低脱靶概率；

（4）靶位点设计在外显子上，在基因上游越靠前越好。许多人类蛋白表达基因并不存在完全符合上述设计要求的特异性靶位点，即便某一基因存在特异性靶位点，也不能保证以该靶位点设计的 gRNA 能起高效引导作用。
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弑君体
及时行乐，人生不留遗憾！
2楼2017-10-06 20:35:01
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弑君体

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晋鹏 at 2017-10-06 20:35:01
在线网站的选择

1、http://crispr.mit.edu/
2、http://www.broadinstitute.org/mpg/crispr_design/
3、http://spot.colorado.edu/~slin/cas9.html
4、http://www.e-crisp.org/E-CRISP/
5、http://zifit.part ...

非常感谢您的帮助，因为链霉菌的基因组比较大，所以一般的在线设计网站因为各种原因，无法使用，有没有不需要编程的那种独立软件？下载了CRISPR-offinder发现不会用，或者能不能教教怎么用这个软件，谢谢。

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3楼2017-10-07 13:45:18
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