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请教Solexa测序的一些问题
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最近我的研究课题涉及到了一种植物的mtDNA全基因组测序，由于该物种的mtDNA目前还没有一个品种完成测序，所以原本打算走建库的路线，可了解到Solexa技术的优势后自己也很感兴趣，再加年前老板也让我考虑下可否运用Solexa技术。但对于我们这一没有map可借鉴植物的进行mtDNA的全基因组测序可否运用该技术，存在两个主要的疑惑，请各位高手和同仁多多指点： 1)由于Solexa每次的读长为36bp，不知公司测序完成是用什么软件组装的?组装的错误率怎么估算或者是怎么避免错误的出现？ 2)由于Solexa是要将全基因组DNA随机打断，那么核基因组DNA以及cpDNA的污染（不可避免的污染）对mtDNA全基因组测序会有多大的影响？ Solexa测序技术可否应用到我的实验中，如果不能，还有那些比较好的路线或者方法可以应用？？ [ Last edited by 350784478 on 2009-10-19 at 12:38 ] |
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