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chenxiaoqian

新虫 (小有名气)

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[求助] 我在计算热力学，算热膨胀系数的时候遇到问题

我在用VASP计算热膨胀系数，输入./script-qha.sh -r 提交工作给GridEngine工作系统，可是计算特别慢，并且一直处于如图的状态，想知道是什么原因，因为是第一次计算这个，不知道这种情况正常不，求助各位大神~~
PS：我用的是学校的计算中心，一般计算是提交任务，不知道会不会有影响。

V8R)M}K(2YDACJ7T[{0`R8B.png

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1楼2017-09-20 22:07:01

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zzggbb

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脚本内容不贴出来，没有人会知道怎么回答你的问题。

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2楼2017-09-21 06:23:14

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chenxiaoqian

新虫 (小有名气)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by zzggbb at 2017-09-21 06:23:14
脚本内容不贴出来，没有人会知道怎么回答你的问题。

这是script-qha.sh 文件
[chenq@su01 qha]$ cat script-qha.sh
#!/bin/bash

dim="1 1 1"
pa="0 1/2 1/2 1/2 0 1/2 1/2 1/2 0"
mp="3 3 3"
nunit=32

while getopts ':mrc' opt; do
  case $opt in
m)
   for i in `/bin/ls QHAPOSCAR*`;do
qhaname=`echo $i|sed s/POSCAR//`
mkdir $qhaname
mv $i $qhaname/POSCAR
cd $qhaname
pwd
phonopy -d --dim="$dim"
for j in `/bin/ls POSCAR-*`;do
   dispname=`echo $j|sed s/POSCAR/disp/`
   mkdir $dispname
   mv $j $dispname/POSCAR
   cp ../{INCAR,KPOINTS,POTCAR} $dispname
done
mkdir perfect
cp ../{INCAR,KPOINTS,POTCAR} perfect
cp SPOSCAR perfect/POSCAR
cd ..
   done
   ;;
r)
   for i in `/bin/ls -d QHA-*`;do
cd $i
pwd
vol=`echo $i|sed s/QHA-//`
# For displacements
    for j in `/bin/ls -d disp-*`;do
       cd $j
       pwd
       num=`echo $j|sed s/disp-//`
       sed s/num/$num/ ../../calc.sh|sed s/vol/$vol/|mpirun -np 20 vasp
       cd ..
    done
# For perfect
cd perfect
   sed s/num/per/ ../../calc.sh|sed s/vol/$vol/|mpirun -np 20 vasp
cd ..
cd ..
   done
   ;;
c)
   echo "# cell volume       energy of cell other than phonon" > e-v.dat
   for i in `/bin/ls -d QHA-*`;do
cd $i
phonopy -f disp-*/vasprun.xml
phonopy --mp="$mp" -t --dim="$dim" --pa="$pa" --tmax=2004 --tstep=2
volume=`grep volume perfect/vasprun.xml|tail -n 1|awk -F'<|>' '{printf("%20.13f", $3)}'`
energy=`grep e_wo_entrp perfect/vasprun.xml|tail -n 1|awk -F'<|>' '{printf("%20.13f", $3)}'`
cd ..
echo `echo "$volume/$nunit"|bc -ls` `echo "$energy/$nunit"|bc -ls` >> e-v.dat
   done
   ;;
  esac
done
这是calc.sh文件
#$ -S /bin/zsh
#$ -cwd
#$ -N Sivol-num
#$ -pe mpi* 8
#$ -e err.log
#$ -o std.log

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3楼2017-09-21 09:34:01

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小虫虫LG

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引用回帖:

3楼: Originally posted by chenxiaoqian at 2017-09-21 09:34:01
这是script-qha.sh 文件
$ cat script-qha.sh
#!/bin/bash

dim="1 1 1"
pa="0 1/2 1/2 1/2 0 1/2 1/2 1/2 0"
mp="3 3 3"
nunit=32

while getopts ':mrc' opt; do
cas ...

这是你们自己写的吧？如果是，谁会看得明白啊？

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4楼2017-09-21 14:53:59

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