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chenxiaoqian新虫 (小有名气)
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[求助]
我在计算热力学，算热膨胀系数的时候遇到问题
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我在用VASP计算热膨胀系数，输入./script-qha.sh -r 提交工作给GridEngine工作系统，可是计算特别慢，并且一直处于如图的状态，想知道是什么原因，因为是第一次计算这个，不知道这种情况正常不，求助各位大神~~ PS：我用的是学校的计算中心，一般计算是提交任务，不知道会不会有影响。  V8R)M}K(2YDACJ7T[{0`R8B.png |
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zzggbb
铁杆木虫 (著名写手)
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2楼2017-09-21 06:23:14
chenxiaoqian
新虫 (小有名气)
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- 专业: 原子和分子物理
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这是script-qha.sh 文件 [chenq@su01 qha]$ cat script-qha.sh #!/bin/bash dim="1 1 1" pa="0 1/2 1/2 1/2 0 1/2 1/2 1/2 0" mp="3 3 3" nunit=32 while getopts ':mrc' opt; do case $opt in m) for i in `/bin/ls QHAPOSCAR*`;do qhaname=`echo $i|sed s/POSCAR//` mkdir $qhaname mv $i $qhaname/POSCAR cd $qhaname pwd phonopy -d --dim="$dim" for j in `/bin/ls POSCAR-*`;do dispname=`echo $j|sed s/POSCAR/disp/` mkdir $dispname mv $j $dispname/POSCAR cp ../{INCAR,KPOINTS,POTCAR} $dispname done mkdir perfect cp ../{INCAR,KPOINTS,POTCAR} perfect cp SPOSCAR perfect/POSCAR cd .. done ;; r) for i in `/bin/ls -d QHA-*`;do cd $i pwd vol=`echo $i|sed s/QHA-//` # For displacements for j in `/bin/ls -d disp-*`;do cd $j pwd num=`echo $j|sed s/disp-//` sed s/num/$num/ ../../calc.sh|sed s/vol/$vol/|mpirun -np 20 vasp cd .. done # For perfect cd perfect sed s/num/per/ ../../calc.sh|sed s/vol/$vol/|mpirun -np 20 vasp cd .. cd .. done ;; c) echo "# cell volume energy of cell other than phonon" > e-v.dat for i in `/bin/ls -d QHA-*`;do cd $i phonopy -f disp-*/vasprun.xml phonopy --mp="$mp" -t --dim="$dim" --pa="$pa" --tmax=2004 --tstep=2 volume=`grep volume perfect/vasprun.xml|tail -n 1|awk -F'<|>' '{printf("%20.13f", $3)}'` energy=`grep e_wo_entrp perfect/vasprun.xml|tail -n 1|awk -F'<|>' '{printf("%20.13f", $3)}'` cd .. echo `echo "$volume/$nunit"|bc -ls` `echo "$energy/$nunit"|bc -ls` >> e-v.dat done ;; esac done 这是calc.sh文件 #$ -S /bin/zsh #$ -cwd #$ -N Sivol-num #$ -pe mpi* 8 #$ -e err.log #$ -o std.log |
3楼2017-09-21 09:34:01
小虫虫LG
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4楼2017-09-21 14:53:59
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