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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS离子化合物模型建立求助
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Black_Bear

银虫 (小有名气)

[求助] MS离子化合物模型建立求助 已有2人参与

求问各位经验丰富的大神们~   MS中建立K2CO3这种熔融态的离子化合物，首先怎么指定碳酸根中的化学键，第二应该怎样处理后能够导入Lammps中呢？

  我一直采取将碳酸根中碳氧键指定为单键，然后手动给各原子加电荷，选用cvff力场后，并不能导入Lammps中。探索原因，出现了这样的提示“ Unable to find bond data for c o-”，看来是键型不正确。

  那么请问怎样才能得到正确的结果吗？能否提供一下思路？
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erisedstraehruoytubecafruoytonwohsi
1楼 2017-09-20 11:33:45
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Dr_Jesse

铁杆木虫 (著名写手)

沧海一粟，浩宇星尘

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
只了解第一部分，做离子化合物不能连接共价键，把两种原子按比例放一块，然后赋予电荷成离子。同时画的时候注意表达出差不多的结构（碳酸根离子附近有两个钾离子，有一定夹角之类的，得找找物化文献或者做模拟的人写的参数），跑动力学能量最低，然后再用。
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2楼2017-09-20 14:35:32
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Black_Bear

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Dr_Jesse at 2017-09-20 14:35:32
只了解第一部分，做离子化合物不能连接共价键，把两种原子按比例放一块，然后赋予电荷成离子。同时画的时候注意表达出差不多的结构（碳酸根离子附近有两个钾离子，有一定夹角之类的，得找找物化文献或者做模拟的人写 ...

你好，我问题中共价键指的是碳酸根中的共价键，这个是应该在MS建模中设置好的吧~
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erisedstraehruoytubecafruoytonwohsi
3楼2017-09-20 15:29:53
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Dr_Jesse

铁杆木虫 (著名写手)

沧海一粟，浩宇星尘
引用回帖:
3楼: Originally posted by Black_Bear at 2017-09-20 15:29:53
你好，我问题中共价键指的是碳酸根中的共价键，这个是应该在MS建模中设置好的吧~...

恩，这个是，应该是先建好CO3，然后放进AC，电荷赋值。我以前做过SO3（2-）的。如果买的是正版软件，建议可以直接联系工程师，让他们给你仔细讲讲原因和注意事项。
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4楼2017-09-20 17:12:38
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Black_Bear

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Dr_Jesse at 2017-09-20 17:12:38
恩，这个是，应该是先建好CO3，然后放进AC，电荷赋值。我以前做过SO3（2-）的。如果买的是正版软件，建议可以直接联系工程师，让他们给你仔细讲讲原因和注意事项。...

你好，在MS中对离子化合物建模确实有迹可循，但是我的问题在于如何导入Lammps。在导入Lammps过程中，总是出现无法识别碳氧键等问题，所以我推断我对这些键的设置有问题。请问您的亚硫酸根离子中，硫氧键是单键或是其他什么键型呢？
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erisedstraehruoytubecafruoytonwohsi
5楼2017-09-21 08:06:18
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Dr_Jesse

铁杆木虫 (著名写手)

沧海一粟，浩宇星尘
引用回帖:
5楼: Originally posted by Black_Bear at 2017-09-21 08:06:18
你好，在MS中对离子化合物建模确实有迹可循，但是我的问题在于如何导入Lammps。在导入Lammps过程中，总是出现无法识别碳氧键等问题，所以我推断我对这些键的设置有问题。请问您的亚硫酸根离子中，硫氧键是单键或是 ...

我当时好像是找了一篇文献，按照两个氧是双键，一个氧是单键，电荷也是赋在这个多电子氧上。LAMMPs确实没用过，不懂。我觉得分子模拟的捷径还是找相关或者类似文献，再不然就是找MS的供应商让他培训一下。
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6楼2017-09-21 08:26:45
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Black_Bear

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Dr_Jesse at 2017-09-21 08:26:45
我当时好像是找了一篇文献，按照两个氧是双键，一个氧是单键，电荷也是赋在这个多电子氧上。LAMMPs确实没用过，不懂。我觉得分子模拟的捷径还是找相关或者类似文献，再不然就是找MS的供应商让他培训一下。...

好的~十分感谢您耐心解答。我觉得我可能还需要一些指导。
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erisedstraehruoytubecafruoytonwohsi
7楼2017-09-21 08:59:13
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June_mei

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

在命令行后面加上-ignore就ok了
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8楼2018-04-27 20:32:53
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604820259

捐助贵宾 (小有名气)
cvff中的原子类型和你的原子名字要一致。不一致就改你的文件或cvff中的名字

发自小木虫Android客户端
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hello world
9楼2018-04-29 14:00:18
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