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Black_Bear

银虫 (小有名气)

[求助] MS离子化合物模型建立求助 已有2人参与

求问各位经验丰富的大神们~   MS中建立K2CO3这种熔融态的离子化合物,首先怎么指定碳酸根中的化学键,第二应该怎样处理后能够导入Lammps中呢?

  我一直采取将碳酸根中碳氧键指定为单键,然后手动给各原子加电荷,选用cvff力场后,并不能导入Lammps中。探索原因,出现了这样的提示“ Unable to find bond data for c o-”,看来是键型不正确。

  那么请问怎样才能得到正确的结果吗?能否提供一下思路?
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erisedstraehruoytubecafruoytonwohsi
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Dr_Jesse

铁杆木虫 (著名写手)

沧海一粟,浩宇星尘

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
只了解第一部分,做离子化合物不能连接共价键,把两种原子按比例放一块,然后赋予电荷成离子。同时画的时候注意表达出差不多的结构(碳酸根离子附近有两个钾离子,有一定夹角之类的,得找找物化文献或者做模拟的人写的参数),跑动力学能量最低,然后再用。
除了你自己,没有人能够阻挡你!
2楼2017-09-20 14:35:32
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Black_Bear

银虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by Dr_Jesse at 2017-09-20 14:35:32
只了解第一部分,做离子化合物不能连接共价键,把两种原子按比例放一块,然后赋予电荷成离子。同时画的时候注意表达出差不多的结构(碳酸根离子附近有两个钾离子,有一定夹角之类的,得找找物化文献或者做模拟的人写 ...

你好,我问题中共价键指的是碳酸根中的共价键,这个是应该在MS建模中设置好的吧~
erisedstraehruoytubecafruoytonwohsi
3楼2017-09-20 15:29:53
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Dr_Jesse

铁杆木虫 (著名写手)

沧海一粟,浩宇星尘

引用回帖:
3楼: Originally posted by Black_Bear at 2017-09-20 15:29:53
你好,我问题中共价键指的是碳酸根中的共价键,这个是应该在MS建模中设置好的吧~...

恩,这个是,应该是先建好CO3,然后放进AC,电荷赋值。我以前做过SO3(2-)的。如果买的是正版软件,建议可以直接联系工程师,让他们给你仔细讲讲原因和注意事项。
除了你自己,没有人能够阻挡你!
4楼2017-09-20 17:12:38
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Black_Bear

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by Dr_Jesse at 2017-09-20 17:12:38
恩,这个是,应该是先建好CO3,然后放进AC,电荷赋值。我以前做过SO3(2-)的。如果买的是正版软件,建议可以直接联系工程师,让他们给你仔细讲讲原因和注意事项。...

你好,在MS中对离子化合物建模确实有迹可循,但是我的问题在于如何导入Lammps。在导入Lammps过程中,总是出现无法识别碳氧键等问题,所以我推断我对这些键的设置有问题。请问您的亚硫酸根离子中,硫氧键是单键或是其他什么键型呢?
erisedstraehruoytubecafruoytonwohsi
5楼2017-09-21 08:06:18
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Dr_Jesse

铁杆木虫 (著名写手)

沧海一粟,浩宇星尘

引用回帖:
5楼: Originally posted by Black_Bear at 2017-09-21 08:06:18
你好,在MS中对离子化合物建模确实有迹可循,但是我的问题在于如何导入Lammps。在导入Lammps过程中,总是出现无法识别碳氧键等问题,所以我推断我对这些键的设置有问题。请问您的亚硫酸根离子中,硫氧键是单键或是 ...

我当时好像是找了一篇文献,按照两个氧是双键,一个氧是单键,电荷也是赋在这个多电子氧上。LAMMPs确实没用过,不懂。我觉得分子模拟的捷径还是找相关或者类似文献,再不然就是找MS的供应商让他培训一下。
除了你自己,没有人能够阻挡你!
6楼2017-09-21 08:26:45
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Black_Bear

银虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by Dr_Jesse at 2017-09-21 08:26:45
我当时好像是找了一篇文献,按照两个氧是双键,一个氧是单键,电荷也是赋在这个多电子氧上。LAMMPs确实没用过,不懂。我觉得分子模拟的捷径还是找相关或者类似文献,再不然就是找MS的供应商让他培训一下。...

好的~十分感谢您耐心解答。我觉得我可能还需要一些指导。
erisedstraehruoytubecafruoytonwohsi
7楼2017-09-21 08:59:13
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June_mei

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

在命令行后面加上-ignore就ok了
8楼2018-04-27 20:32:53
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604820259

捐助贵宾 (小有名气)

cvff中的原子类型和你的原子名字要一致。不一致就改你的文件或cvff中的名字

发自小木虫Android客户端
hello world
9楼2018-04-29 14:00:18
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