24小时热门版块排行榜    

查看: 1941  |  回复: 7

fengduyanyu

新虫 (正式写手)

[求助] 引物设计问题,求助。不同的标准序列。

我做的是动物病毒的PCR扩增,现在准备根据一个全长1100左右的ORF扩增200-300的片段。
现在我在NCBI上查到4个标准毒株,或者说发表的比较早的,全基因的毒株,分别标记为A、B、C、D
我采用Premier6.0进行设计引物,4个毒株参数一致的情况下,分别得到一个评分最高的引物。记为A1、B2、C3、D4。
现在的问题就是,我采用NCBI的 premier-blast去验证,用A1引物可以扩增A、C;B2引物可以扩B、D。C3只能扩C。D可以扩A和D

所以,我想知道的,我该如何取舍引物?还是全部都合成拿去试试。
但是全部合成是否会存在,我无法扩增我分离的地方毒株?而且地方毒株的种类很多,我是处理临床样本去鉴定,会不会存在无法扩增的临床样本。
非常感谢!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fengduyanyu

新虫 (正式写手)

没有人吗?
2楼2017-09-19 21:15:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hzau103

新虫 (正式写手)

相对比四个序列的同源性,在高度一致的区域设计引物不更好吗?

发自小木虫Android客户端
3楼2017-09-19 23:17:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fengduyanyu

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hzau103 at 2017-09-19 23:17:09
相对比四个序列的同源性,在高度一致的区域设计引物不更好吗?

同源性分析都在98%以上,隔一段就出现1个2个碱基的变化。有一个标准株的碱基变化更多,根据他设计出来的,对其它3个都没有用。
4楼2017-09-20 18:57:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hzau103

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by fengduyanyu at 2017-09-20 18:57:18
同源性分析都在98%以上,隔一段就出现1个2个碱基的变化。有一个标准株的碱基变化更多,根据他设计出来的,对其它3个都没有用。...

至少设计引物的那段是没有碱基突变的。

发自小木虫Android客户端
5楼2017-09-20 20:24:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fengduyanyu

新虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hzau103 at 2017-09-20 20:24:28
至少设计引物的那段是没有碱基突变的。
...

全长1100多点,没有那个部分都一样呢,我限制了引物的位置,就不会出现结果。
6楼2017-09-21 10:22:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fengduyanyu

新虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hzau103 at 2017-09-20 20:24:28
至少设计引物的那段是没有碱基突变的。
...

我在一个CDS设计的
7楼2017-09-21 10:26:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Zql1314

新虫 (正式写手)

我一般几个毒株进行序列比对,然后截取同源性相同或者高的地方

发自小木虫Android客户端
8楼2019-04-24 08:13:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 fengduyanyu 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 00:25 by mibUvS8DDCwf
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 00:12 by vZfe6xYu34yj
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-14 23:57 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-14 23:45 by vZfe6xYu34yj
[考博] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-14 23:33 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 3/150 2026-09-14 23:21 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 3/150 2026-09-14 23:09 by vZfe6xYu34yj
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:45 by vZfe6xYu34yj
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 6/300 2026-09-14 22:37 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 3/150 2026-09-14 22:33 by vZfe6xYu34yj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 4/200 2026-09-14 21:37 by vZfe6xYu34yj
[考博] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:36 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:25 by vZfe6xYu34yj
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-14 21:21 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-14 17:48 by Aj1rhIDL5ixY
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-14 15:21 by Aj1rhIDL5ixY
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 3/150 2026-09-14 14:57 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神:2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀? +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
信息提示
请填处理意见