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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 引物设计问题，求助。不同的标准序列。
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fengduyanyu

新虫 (正式写手)

[求助] 引物设计问题，求助。不同的标准序列。

我做的是动物病毒的PCR扩增，现在准备根据一个全长1100左右的ORF扩增200-300的片段。
现在我在NCBI上查到4个标准毒株，或者说发表的比较早的，全基因的毒株，分别标记为A、B、C、D
我采用Premier6.0进行设计引物，4个毒株参数一致的情况下，分别得到一个评分最高的引物。记为A1、B2、C3、D4。
现在的问题就是，我采用NCBI的 premier-blast去验证，用A1引物可以扩增A、C；B2引物可以扩B、D。C3只能扩C。D可以扩A和D

所以，我想知道的，我该如何取舍引物？还是全部都合成拿去试试。
但是全部合成是否会存在，我无法扩增我分离的地方毒株？而且地方毒株的种类很多，我是处理临床样本去鉴定，会不会存在无法扩增的临床样本。
非常感谢！
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1楼 2017-09-19 18:51:07
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fengduyanyu

新虫 (正式写手)
没有人吗？
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2楼2017-09-19 21:15:55
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hzau103

新虫 (正式写手)
相对比四个序列的同源性，在高度一致的区域设计引物不更好吗？

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3楼2017-09-19 23:17:09
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fengduyanyu

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hzau103 at 2017-09-19 23:17:09
相对比四个序列的同源性，在高度一致的区域设计引物不更好吗？

同源性分析都在98%以上，隔一段就出现1个2个碱基的变化。有一个标准株的碱基变化更多，根据他设计出来的，对其它3个都没有用。
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4楼2017-09-20 18:57:18
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hzau103

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fengduyanyu at 2017-09-20 18:57:18
同源性分析都在98%以上，隔一段就出现1个2个碱基的变化。有一个标准株的碱基变化更多，根据他设计出来的，对其它3个都没有用。...

至少设计引物的那段是没有碱基突变的。

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5楼2017-09-20 20:24:28
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fengduyanyu

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hzau103 at 2017-09-20 20:24:28
至少设计引物的那段是没有碱基突变的。
...

全长1100多点，没有那个部分都一样呢，我限制了引物的位置，就不会出现结果。
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6楼2017-09-21 10:22:56
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fengduyanyu

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by hzau103 at 2017-09-20 20:24:28
至少设计引物的那段是没有碱基突变的。
...

我在一个CDS设计的
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7楼2017-09-21 10:26:02
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Zql1314

新虫 (正式写手)
我一般几个毒株进行序列比对，然后截取同源性相同或者高的地方

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8楼2019-04-24 08:13:59
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