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endlesslov

新虫 (初入文坛)

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专业: 理论和计算化学

[交流] 计算化学多任务及数据提取 – perl程序的应用

有时，我们需要进行较为重复的多任务计算并从输出文件中提取数据。例如一维和二维势能面计算，可能多达几千个任务。所以，不可能每个任务都由手工操作，一定要通过自动化的程序实现。Perl语言的文档数据处理极为强大，易学易用，且已内嵌到Linux中（windows需安装程序）。这里通过一个例子，达到抛砖引玉的作用。即使从未接触过perl，也能迅速开始计算工作。当然，如果需要更多，还需对perl多加学习。
这是一个一维势能面计算，原始g09输入文件m062x.com中的zzz为势能面的一维变量。所以在循环中（变量为$step），每一次将原始输入文件复制为新文件，并将zzz替换为$step，然后计算。这是gaussian09的例子，当然可以改成任何其它计算程序。最后从g09输出文件提取能量数值并写入表格 m062x.summary。
最后，感谢Alex最初提供给我一个例子，使我进入perl应用的领域，极大地提高了效率。

#!/usr/bin/perl -w

# MODULES
# -----------------------------------------------
use strict;
use sigtrap;
use diagnostics;
use File::Copy;
# -----------------------------------------------

my $summary = "m062x.summary";
open (SUM, "> $summary"

or die "Cannot open $summary : $!\n";

printf SUM "# STEP\t\t\t\tEnergy\n";

foreach my $step ('0.0001','0.25','0.50','0.75','1.00','1.25','1.50','1.75','2.00') {

   printf SUM "\t\%16.8E", $step;

   my $origfname = "m062x.com";
   my $newfname  = "m062x-$step.com";
   my $newfnamet = "m062x-$step.log";

   copy($origfname, $newfname) or die "Copy failed: $!";
   system("perl -p -i -e s/'zzz'/$step/g $newfname"

;

my $return = system("g09 $newfname 2>&1"

;
die "System failed ($return)\n\n" if ($return != 0);

my $ener;
# EXTRACT INFO FROM OUTPUT
open (OUT, "< $newfnamet"

or die "Cannot open $newfnamet : $!\n";
while (<OUT>

{
$ener = (split /\s+/)[5] if (/SCF Done:/);
}
close OUT;
printf SUM "\t\%16.8E", $ener;

printf SUM "\n";

}

# -----------------------------------------------

exit 0;

转载自 http://blog.sciencenet.cn/blog-2854406-1076151.html

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1楼 2017-09-18 15:40:47

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