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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请问如何明确一个基因是什么？
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)

[求助] 请问如何明确一个基因是什么？ 已有1人参与

我最近在非模式生物中克隆出一个基因，想确定这个基因是什么。

但blast的结果是foxo1和foxo3，因为这两个结果的排名都很靠前，没法确定这个基因到底是foxo1还是foxo3。

于是我又都通过结构域来检索，发现与该基因具有相同结构域组成的检索结果里，同样也是既有foxo1也有foxo3。

我有点糊涂了，通过什么方法能够确定这个基因到底是foxo1还是foxo3呢，请高手指教！谢谢！
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1楼 2017-09-14 05:33:50
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leonscu

银虫 (小有名气)
1和3基因具体有啥区别没？

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lessismore.
2楼2017-09-14 08:27:32
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by leonscu at 2017-09-14 08:27:32
1和3基因具体有啥区别没？

因为同属一个基因家族，所以很相似。
其实这个也是我想问的。我怎么才能知道这两个基因区别的官方定义呢，比如有哪几个结构域就是foxo1，有哪几个结构域就是foxo3。会有这种官方的定义吗？
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3楼2017-09-14 22:16:45
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leonscu

银虫 (小有名气)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-09-20 07:43:06
引用回帖:
3楼: Originally posted by seamas_gao1 at 2017-09-14 22:16:45
因为同属一个基因家族，所以很相似。
其实这个也是我想问的。我怎么才能知道这两个基因区别的官方定义呢，比如有哪几个结构域就是foxo1，有哪几个结构域就是foxo3。会有这种官方的定义吗？...

结构域？你说的应该是蛋白质的结构域吧，基因好像没有，，那你要把它翻译成蛋白质再看了，或者看看ncbi上对基因的注释有何区别，也许kegg上面的代谢通路会有不同，你也可以试试那个数据库

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lessismore.
4楼2017-09-14 22:34:20
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bullfrog325

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2017-09-20 07:43:27
序列比对其实就是电脑游戏， 参数改一改， 赏分罚分规则改一改， 排名结果就可能出现小幅度变动的。  楼主不要太纠结你克隆的基因究竟是foxo1还是foxo3, 既然和这两个都同等程度的相似， 你就先把它叫foxo-like也行。 要是你一定要弄明白到底这个基因更像谁， 你可以测试foxo1 KO 和foxo3 KO表型究竟谁能够更好地被这个foxo-like救回来。 序列比对分析给你一个方向性的指导， 但是它对不对还是需要做基因功能检验。
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5楼2017-09-15 03:50:53
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by leonscu at 2017-09-14 22:34:20
结构域？你说的应该是蛋白质的结构域吧，基因好像没有，，那你要把它翻译成蛋白质再看了，或者看看ncbi上对基因的注释有何区别，也许kegg上面的代谢通路会有不同，你也可以试试那个数据库
...

对的，我的意思是把基因翻译成蛋白来看，因为对于编码基因主要还是比较翻译后蛋白的差异。我现在存在的问题就是无法确定区别，KEGG是通路数据库，是不是不能用来检索单个基因？
谢谢
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6楼2017-09-19 23:04:24
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by bullfrog325 at 2017-09-15 03:50:53
序列比对其实就是电脑游戏， 参数改一改， 赏分罚分规则改一改， 排名结果就可能出现小幅度变动的。  楼主不要太纠结你克隆的基因究竟是foxo1还是foxo3, 既然和这两个都同等程度的相似， 你就先把它叫foxo-like也行 ...

因为现在我要写文章，需要给一个确定的名字，最好不要是like这种。不知道您能不能给我一个如何确定的方法，最好是通过电脑软件比对分析之类的，因为我的时间很有限，来不及再去做实验验证了。谢谢！
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7楼2017-09-19 23:06:08
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seamas_gao1

银虫 (小有名气)
有人知道吗？
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8楼2017-09-29 10:54:31
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极北小白熊

铁虫 (正式写手)
做一个进化树就能看出来了，同一个家族会有标志性读码框，而同一家族中的不同子家族则会有一些差异，所以利用进化树和遗传距离一比对就知道了，究竟和谁是“一伙”的了，至于命名，我就不懂了，可能要从ncbi上面检索一下  命名规则

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9楼2017-10-04 09:19:56
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