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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » [请教] 大家计算vasp的集群都是采用什么网络架构?
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ustbmars

铜虫 (小有名气)

[交流] [请教] 大家计算vasp的集群都是采用什么网络架构?

VASP对并行通讯要求比较高, 基于TCP协议的千兆网络好象不行啊, 节点增多性能反而下降!

是不是得用 Infiniband或Myrinet网络 ?

[ Last edited by wuchenwf on 2009-6-23 at 19:34 ]
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1楼 2009-02-13 15:16:30
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superest

金虫 (小有名气)
请教你的每个node的配置？
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2楼2009-02-13 17:29:41
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ustbmars

铜虫 (小有名气)
★ ★
wuli8(金币+2,VIP+0):(*^__^*) 2-14 09:37
节点机采用Dell原装服务器:

Intel Xeon 2.5 G 双路四核处理器, 146G 高速硬盘, 4 G内存 (待扩展), 双千兆网卡, DVD光驱。千兆交换机。

性能的瓶颈在节点之间的网络通讯上。
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3楼2009-02-14 01:18:02
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superest

金虫 (小有名气)
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):谢谢参与！欢迎常来！ 2-14 09:54
你确定在网络通讯上？怎么得出这个结论的？
CPU是XEON5420？
双路四核用4G内存。。？
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4楼2009-02-14 09:34:42
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
★
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢 O(∩_∩)O 3-19 21:41
引用回帖:
Originally posted by ustbmars at 2009-2-13 15:16:
VASP对并行通讯要求比较高, 基于TCP协议的千兆网络好象不行啊, 节点增多性能反而下降!

是不是得用 Infiniband或Myrinet网络 ?

Infiniband太贵了。
千兆网络够用了。
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5楼2009-02-14 22:39:21
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wyxhenu

新虫 (小有名气)

Infiniband效果最好

★
spur(金币+1,VIP+0):^_^ 3Q！！欢迎新虫！！ 2-15 13:22
Infiniband效果最好
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6楼2009-02-15 13:15:21
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superest

金虫 (小有名气)
★ ★
zdhlover(金币+2,VIP+0):多谢 2-15 17:24
应问题应该出在CPU与内存间的通讯上，据说Intel的工程师针对core2架构，运行vasp后，得出的结论～两个node效率刚好
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7楼2009-02-15 17:07:53
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frank178

金虫 (正式写手)
★
wuchenwf(金币+1):谢谢 O(∩_∩)O
谁说IB太贵了，其实物超所值，除非你都是计算小任务   否则同样价钱的东西，IB网络的效率要高很多。  我们07年配的是10G的IB，去年就都配20G的了
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8楼2009-02-18 20:32:50
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tjpm

金虫 (正式写手)
★
wuchenwf(金币+1):谢谢 O(∩_∩)O
dell的服务器其实口碑不怎么好
引用回帖:
Originally posted by ustbmars at 2009-2-14 01:18:
节点机采用Dell原装服务器:

Intel Xeon 2.5 G 双路四核处理器, 146G 高速硬盘, 4 G内存 (待扩展), 双千兆网卡, DVD光驱。千兆交换机。

性能的瓶颈在节点之间的网络通讯上。

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9楼2009-03-11 16:30:52
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nkleof

银虫 (正式写手)
★ ★
wuchenwf(金币+2):谢谢 O(∩_∩)O
嗯，我也作过比较，发现同样一个任务，在单节点上运行比分布在两个节点上计算要快很多。我用的集群和楼主的几乎一样，不过我的每个节点内存是8G。据说是因为vasp在节点间需要大量短消息通讯，而dell的这些千兆以太网交换机的每秒包交换数就成了瓶颈，具体我也不清楚，期待高人详细解释。
顺便问一下，四个节点间用infiniband需要多少钱？
引用回帖:
Originally posted by ustbmars at 2009-2-13 15:16:
VASP对并行通讯要求比较高, 基于TCP协议的千兆网络好象不行啊, 节点增多性能反而下降!

是不是得用 Infiniband或Myrinet网络 ?

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10楼2009-03-19 16:42:18
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