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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 测序结果分析
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拉格朗日啊

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 测序结果分析 已有3人参与

求虫友帮助 鉴定某菌（不知是真菌还是细菌）
我用16SrDNA通用引物提取，然后PCR，送去测序。正向测序结果是双峰，反向测序结果良好。我用反向测序结果在NCBI上blast，选取同源性较高的一些种类。用MEGA6.0建立发育树，结果如图，求解

测序结果分析
16s7.PNG
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1楼 2017-09-06 22:38:49
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品茗听雨0530

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看一下bootstrap consensus tree的情况

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2楼2017-09-07 07:08:58
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曲水流

新虫 (正式写手)
不知道是真菌还是细菌怎么会选16s

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3楼2017-09-07 16:31:49
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拉格朗日啊

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 曲水流 at 2017-09-07 16:31:49
不知道是真菌还是细菌怎么会选16s

想用16s,its来分析它是真菌还是细菌
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4楼2017-09-07 16:34:13
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拉格朗日啊

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 品茗听雨0530 at 2017-09-07 07:08:58
看一下bootstrap consensus tree的情况

这个吗？
测序结果分析-1
捕获.PNG
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5楼2017-09-07 16:34:56
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欧易

新虫 (小有名气)
公司不包分析吗？

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6楼2017-09-09 00:00:36
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想你的夏季1

新虫 (小有名气)
这树都没有数值的  建树方法不对吧

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7楼2017-09-16 03:18:11
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WY小悦儿

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 想你的夏季1 at 2017-09-16 03:18:11
这树都没有数值的  建树方法不对吧

我用的MEGA6版本的。上面建树也没有数字。咋回事呀。
测序结果分析-2



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8楼2017-09-27 16:41:57
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suyouzhen

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

通常细菌16S序列建树是为了看未知的种大致能聚到哪一已知的类群，所以选择合适的近缘种和外群组作为参照很重要，可以选择几个同属但不同种的，再选若干其他近缘属的作为外群组，这样的比对效果才好。如果你测序的质量和拼装质量都过关的话，从你的树大致判断很可能是参照序列选择的不合适。
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9楼2017-10-07 05:45:41
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小笨蛋235

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
1楼: Originally posted by 拉格朗日啊 at 2017-09-06 22:38:49
求虫友帮助 鉴定某菌（不知是真菌还是细菌）
我用16SrDNA通用引物提取，然后PCR，送去测序。正向测序结果是双峰，反向测序结果良好。我用反向测序结果在NCBI上blast，选取同源性较高的一些种类。用MEGA6.0建立发育 ...

你好，冒昧的问一下，楼主的送去的是哪家公司？不知需要多少钱？

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10楼2017-12-23 23:28:59
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