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lidx123木虫 (小有名气)
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[求助]
MS构建表面模型 已有1人参与
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本人想要构建锐钛矿TiO2的（101）表面模型，但是有两个问题需要确定对否。 1、图1中，当选取截至点的FractionalXYZ为（0.5 0 0.542），请问Top的值设置对否？ Top: Specify the distance from the origin to the top of the cleave slab as either: Fractional - a fraction of the d-spacing of the Miller family of the cleave plane Angstrom - an absolute value in Å 2、图二中，Origin (a b c)采用默认值或是应为（0.5 0 0.542），或者应为其它值？ Origin (a b c): Specify the position of the origin of the surface lattice in fractional coordinates of the source crystal. 希望各位大侠不吝赐教！  图1.png  图二.png |
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【答案】应助回帖
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lidx123: 金币+15 2017-09-12 07:29:06
lidx123: 金币+15 2017-09-12 07:29:06
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您好，我也是最近在切割锐钛矿101面的模型。根据我的了解，和您交流下我的看法，但是认识还不足，请轻拍。。。 1.top选取主要在于看你的截面的原子排列情况，我选取的界面在（fractional）0.458~0.791，您自己试一下的话，可以看到这间隔之间的原子的排列情况是一样的。如果稍微往间隔之外选取的话，会有新的一层原子出现（消失）。我将top（fractional）从0.458~0.791，以0.01为单位切割了模型（其他保持一致），3*3*2，计算得到的能量均一致-959.599436eV（计算方法是DFT-PBE，精度设置保持一致）。其中我对0.46、0.6、0.791这三个做了磷酸的吸附能计算，最高相差不超过0.7kcal/mol（0.03eV）（考虑到我连接磷酸时的构型有差别，这里吸附能值有波动很正常）。因此基本可以考虑没差别。 2.原点abc的选取，我对U方向V方向分别做了33个单位，移动33次U或者V向量能得到一个完整的小晶胞（这里不是重点，没能表达清楚就跳过这里吧）。对abc不同的情况，计算了近一千种模型（其他保持一致），体系能量的差异在0.2eV之内。唯一有值得注意的地方是，个别的模型会出现收敛失败的情况。如果您用的是abc默认的话是OK的。 3.我的问题在于，计算得到的吸附能一直偏低，一直偏小10多kcal/mol。。。。虽然一直怀疑是我板切割的问题，但是对此没什么想法了。您有这方面的想法的话，希望也能一起交流下。。。 |
3楼2017-09-11 18:19:07
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lidx123(漫天飘雪代发): 金币+5, 谢谢交流 2017-09-08 14:41:17
lidx123(漫天飘雪代发): 金币+5, 谢谢交流 2017-09-08 14:41:17
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top位置和thickness要依你的具体情况而定。至于原点位置无所谓，因为它是周期性边界条件。你的U,V矢量方向感觉有点别扭，调一调... 发自小木虫IOS客户端 |
2楼2017-09-08 13:22:55
