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小马科研部落

新虫 (小有名气)

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专业: 微生物生态学

[交流] R语言之初体验，导个数据，画个图已有6人参与

每天都学一点点，每天都进步一点点。
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之前以为R跟SPSS一样是一个统计软件，
由于不小心跨行到基因测序行业，发现在生物信息分析的某端，序列拼接、注释完后，竟然需要R软件来分析、作图。
由于在技术支持岗位上，万一以后有客户咨询到图是怎么做的，万一答不出来，就“惨”喽！
而公司又没有培训，只能自己自学R语言。
毕竟有点SPSS基础，所以对于R语言的统计分析还算是比较容易上手。
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与SPSS的鼠标操作相比，R语言需要输入代码，但是运行速度很快。
简单的一个代码/命令，就可以省略SPSS的“点点点点点”。
唯一的缺点就是要记代码。
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R的下载、安装就不说了。跟普通软件的安装一样。

对于SPSS来说，拿到数据后，把数据导入，之后进行运算处理。R语言也一样。
但要注意2点：
1 路径。
在【文件】--【改变工作目录】中，修改到数据所在的目录。
假设你的数据在D：\data里面，那么工作目录就改为 D：\data。
改变好了路径后，可以用【getwd()】这个命令来看一下当前工作路径。

2 数据格式。
xls的格式R 是不认的，需要将其转为csv格式。用read.csv来带入。
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做完上面的准备，就可以用R做普通分析和画图了。
以【数量生态学—R语言】中的数据为例，画个图。

由于数据中有3列，第一列为样本名称，一般第一列应该是样本名，所以应该用row.names=1

由于有的数据行数比较多，你想看一下有多少行，可以用这个命令：dim()
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画个图
其中main为图片的主题，xlab为横坐标，ylab为纵坐标。
plot(spa,main='地图',xlab='x轴',ylab='y轴')

图上的点的标志也都可以换。如pch=2
plot(spa,main='地图',xlab='x轴',ylab='y轴',pch=2,col='red')
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具体换法如下图所示

当然，也可以在图中加上线
lines(spa,col='blue') 记住，为lines，有S。

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可以把每个样本的编号标上。
text(spa,row.names(spa),cex=0.8,col='black')

由于该图，是由画大框、连线、标字母，3部分组成。
为了怕出错，可以将代码写入notepad++，将3行代码，直接复制到R中运行。
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具体的图片，可以去微信公众号【小马科研部落】里查看。
每天学习一点点，进步一点点。