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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 土壤微生物功能基因高通量测序
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aben0114

银虫 (著名写手)

[求助] 土壤微生物功能基因高通量测序 已有1人参与

各位同仁，之前发过帖子，但是没得到满意答案，再次求助。本人想从土壤宏基因组中PCR扩增一个基因，片段较长700-1000bp，二代测序又不能测通，三代测序太贵，经费有限。文献中使用454焦磷酸测序，但是好多公司都已经停用，想知道还有什么单位在使用一代测序，或者请教有没有其他的策略可以解决这个问题。
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1楼 2017-08-31 16:13:15
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
aben0114: 金币+5, ★★★很有帮助 2017-08-31 16:26:22
扩1kb的基因，直接找公司用未知样品的denovo测序就可以做，而且很便宜。你直接设计好引物，建议多设计几对，差个几个bp。然后PCR完的产物，交给公司，告之是PCR产物，混合模板，denovo测序，然后咨询下要求就好了。应该不难，跟16S差不多，区别是，你这个是需要构建体系的。最好多提供几种目标基因的全序列类型做参考
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2楼2017-08-31 16:19:36
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aben0114

银虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by snoopytbw at 2017-08-31 16:19:36
扩1kb的基因，直接找公司用未知样品的denovo测序就可以做，而且很便宜。你直接设计好引物，建议多设计几对，差个几个bp。然后PCR完的产物，交给公司，告之是PCR产物，混合模板，denovo测序，然后咨询下要求就好了。 ...

刚接触这块，不是太懂，不过非常感谢您的解答。我要扩增的三个基因都是简并性引物扩增的，不知道序列，引物也是文献中查到的，也可以用您说的方法去做吗？
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3楼2017-08-31 16:25:58
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snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)
兼并'碱基不影响，不过你目标基因序列必须要知道，不可能没有的，找出来

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4楼2017-08-31 21:18:04
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石金礼奥维森

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
1楼: Originally posted by aben0114 at 2017-08-31 16:13:15
各位同仁，之前发过帖子，但是没得到满意答案，再次求助。本人想从土壤宏基因组中PCR扩增一个基因，片段较长700-1000bp，二代测序又不能测通，三代测序太贵，经费有限。文献中使用454焦磷酸测序，但是好多公司都已经 ...

您研究的是 哪种功能基因。
土壤微生物功能基因高通量测序



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5楼2017-10-11 16:20:33
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