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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 【求助】请教MS画图
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jiawdd

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教MS画图

MS里有没有办法用下面一组坐标数据直接（一次性的）得到相应的结构图
    ATOM               X                   Y                   Z
            1    Si           -1.434235            1.611574            0.526452
            2    O            -0.408629            2.373889           -0.555068
            3    Si            1.136825            1.879840           -0.239179
            4    O             1.245731            0.288120           -0.230315
            5    Si            0.214348           -0.640688            0.838710
            6    O            -1.362939            0.014240            0.358917
            7    O             0.461853            0.190141            2.276644
            8    O            -1.198019            2.236139            2.002616
            9    O             1.410382            2.479420            1.426669
           10    Si            0.254440            1.729229            2.811910
           11    O             0.312956           -2.181373            0.744241
           12    O             2.382559            2.882511           -0.683493
           13    O             0.573222            2.322697            4.186699
           14    Si            2.667294            3.474593            0.864292
           15    O             3.628947            4.467952            1.485974

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-23 at 14:49 ]
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1楼 2009-02-10 17:07:50
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jghe

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
wuli8(金币+1,VIP+0):(*^__^*) 2-10 20:10
jiawdd(金币+3,VIP+0):谢谢 2-10 20:35
直接画我也不知道，大家讨论。
可以先做成gjf文件（gaussian 输入文件）,用gaussianView打开，另存为.mol文件，就可以用MS打开了
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2楼2009-02-10 20:05:39
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chemofish

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢讨论 2-11 18:58
jiawdd(金币+2,VIP+0):谢谢 2-18 21:21
转化为MS的.xyz文件格式很容易的，然后import =〉xyz文件就搞定了。
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3楼2009-02-10 21:01:59
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jiawdd

铜虫 (小有名气)
转化为MS的.xyz文件格式具体怎么操作啊？
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4楼2009-02-11 12:16:41
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hadone

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie 2-17 09:54
jiawdd(金币+2,VIP+0):谢谢 2-18 21:21
我一般是做成标准的cif格式文件，然后直接导入到MS中的。
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5楼2009-02-16 21:52:36
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jiawdd

铜虫 (小有名气)
cif格式？
具体怎么做？
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6楼2009-02-17 16:52:32
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liuds7792

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
jiawdd(金币+3,VIP+0):谢谢 2-18 21:21
你把对应的部分做个修改就行了
data_LiCoO2
_audit_creation_date              2009-02-07
_audit_creation_method            'Materials Studio'
_symmetry_space_group_name_H-M    'P1'
_symmetry_Int_Tables_number       1
_symmetry_cell_setting            triclinic
loop_
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
  x,y,z
_cell_length_a                    5.7463
_cell_length_b                    5.6839
_cell_length_c                    18.0815
_cell_angle_alpha                 90.0000
_cell_angle_beta                  90.0000
_cell_angle_gamma                 90.0000
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
_atom_site_adp_type
_atom_site_occupancy
O1     O     0.50540   0.00000  -0.11174   0.00000  Uiso   1.00
Co2    Co    0.01080   0.00000  -0.22347   0.00000  Uiso   1.00
O3     O     0.49460   0.00000   0.11174   0.00000  Uiso   1.00
Co4    Co    0.98920   0.00000   0.22347   0.00000  Uiso   1.00
O5     O     0.99460   0.00000   0.11174   0.00000  Uiso   1.00
Li6    Li    0.51080   0.00000   0.77653   0.00000  Uiso   1.00
O7     O     0.00540   0.00000  -0.11174   0.00000  Uiso   1.00
Li8    Li    0.48920   0.00000   0.22347   0.00000  Uiso   1.00
O9     O     0.26080   0.25000  -0.22347   0.00000  Uiso   1.00
O10    O     1.23920   0.25000   0.22347   0.00000  Uiso   1.00
Li11   Li    0.75540   0.25000   0.88826   0.00000  Uiso   1.00
O12    O     0.73920   0.25000   0.22347   0.00000  Uiso   1.00
O13    O    -0.23920   0.25000  -0.22347   0.00000  Uiso   1.00
O14    O     0.75000   0.25000  -0.00000   0.00000  Uiso   1.00
Co15   Co    0.25540   0.25000  -0.11174   0.00000  Uiso   1.00
O16    O     0.25000   0.25000   0.00000   0.00000  Uiso   1.00
Co17   Co    0.74460   0.25000   0.11174   0.00000  Uiso   1.00
Co18   Co    0.50000   0.00000  -0.00000   0.00000  Uiso   1.00
O19    O     0.50540   0.50000  -0.11174   0.00000  Uiso   1.00
Co20   Co    0.01080   0.50000  -0.22347   0.00000  Uiso   1.00
O21    O     0.49460   0.50000   0.11174   0.00000  Uiso   1.00
Co22   Co    0.98920   0.50000   0.22347   0.00000  Uiso   1.00
O23    O     0.99460   0.50000   0.11174   0.00000  Uiso   1.00
O24    O     0.00540   0.50000  -0.11174   0.00000  Uiso   1.00
Li25   Li    0.48920   0.50000   0.22347   0.00000  Uiso   1.00
O26    O     0.26080   0.75000  -0.22347   0.00000  Uiso   1.00
O27    O     1.23920   0.75000   0.22347   0.00000  Uiso   1.00
O28    O     0.73920   0.75000   0.22347   0.00000  Uiso   1.00
O29    O    -0.23920   0.75000  -0.22347   0.00000  Uiso   1.00
Li30   Li    0.24460   0.75000   0.11174   0.00000  Uiso   1.00
O31    O     0.75000   0.75000  -0.00000   0.00000  Uiso   1.00
Co32   Co    0.25540   0.75000  -0.11174   0.00000  Uiso   1.00
O33    O     0.25000   0.75000   0.00000   0.00000  Uiso   1.00
Co34   Co    0.74460   0.75000   0.11174   0.00000  Uiso   1.00
Co35   Co    0.50000   0.50000  -0.00000   0.00000  Uiso   1.00
Li36   Li    0.00000   0.50000   0.00000   0.00000  Uiso   1.00
loop_

[ Last edited by liuds7792 on 2009-2-17 at 17:01 ]
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7楼2009-02-17 17:00:02
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jiawdd

铜虫 (小有名气)
帮我把上面的数据改下好吗？
我看下
你的例子有点看不懂啊
什么格式的
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8楼2009-02-17 17:12:18
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liuds7792

金虫 (小有名气)
把对应的晶格常数，夹角，元素名称，序号，及分数坐标做修改；
你的数据没有晶格常数，夹角，元素名称
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9楼2009-02-17 17:42:34
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