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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 药学 » 药物分析 » 代谢组学中PLS-DA和PCA的区别？
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zhy1239

新虫 (初入文坛)

[交流] 代谢组学中PLS-DA和PCA的区别？ 已有2人参与

能用简单通俗的话概括一下代谢组学中pls-da和pca的区别？看到这两种分析都有人做，pca是无监督，pls-da是有监督，除此之外还有什么区别吗？需要二者都做还是做一个就可以了？
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1楼 2017-08-17 16:19:00
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yanjiacheng

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
PCA可以看到样本的原始状态，PLS-DA看到的是样本的分组效果。如果想找到造成组间差异的物质，建议还是再做下PLS-DA。
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持黄金为珍贵，知安乐方值千金。
2楼2017-08-17 16:44:04
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奶牛人

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼上说的对，我补充一下
PCA主要用来看你的样品组间差异是否大，组内差异是否小，有没有离散样本，如果组间差异大，组内差异小，PCA图可以告诉别人你的数据质量好，结果可信，并且后续分析中可以去掉PCA中的离散样本
PLS-DA做出来本身意义不大，但是PLS-DA做出来后，每个峰会有一个VIP值，这个VIP值代表每个峰对样品在PLS-DA图里样本分开的贡献度的大小，一般VIP大于1可以说明是潜在的差异代谢物，再补充上p value小于0.05，可以缩小差异代谢物的范围
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3楼2017-08-22 17:43:26
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