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zhy1239

新虫 (初入文坛)

[交流] 代谢组学中PLS-DA和PCA的区别? 已有2人参与

能用简单通俗的话概括一下代谢组学中pls-da和pca的区别?看到这两种分析都有人做,pca是无监督,pls-da是有监督,除此之外还有什么区别吗?需要二者都做还是做一个就可以了?
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yanjiacheng

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
PCA可以看到样本的原始状态,PLS-DA看到的是样本的分组效果。如果想找到造成组间差异的物质,建议还是再做下PLS-DA。
持黄金为珍贵,知安乐方值千金。
2楼2017-08-17 16:44:04
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奶牛人

铁虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼上说的对,我补充一下
PCA主要用来看你的样品组间差异是否大,组内差异是否小,有没有离散样本,如果组间差异大,组内差异小,PCA图可以告诉别人你的数据质量好,结果可信,并且后续分析中可以去掉PCA中的离散样本
PLS-DA做出来本身意义不大,但是PLS-DA做出来后,每个峰会有一个VIP值,这个VIP值代表每个峰对样品在PLS-DA图里样本分开的贡献度的大小,一般VIP大于1可以说明是潜在的差异代谢物,再补充上p value小于0.05,可以缩小差异代谢物的范围
3楼2017-08-22 17:43:26
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