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求助关于go功能分析的流程已有1人参与
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请问这个图片怎么弄的？一组蛋白质的go结果表怎么得到的？求个详细的流程以及操作，谢谢 121.png |
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晋鹏
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GO是Geneontology的缩写，GO数据库分别从功能、参与的生物途径及细胞中的定位对基因产物进行了标准化描述，即对基因产物进行简单注释，通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集在哪些生物学功能、途径或者细胞定位。 GO分析：根据挑选出的差异基因，计算这些差异基因同GO 分类中某（几）个特定的分支的超几何分布关系，GO 分析会对每个有差异基因存在的GO 返回一个p-value，小的p 值表示差异基因在该GO 中出现了富集。 GO 分析对实验结果有提示的作用，通过差异基因的GO 分析，可以找到富集差异基因的GO分类条目，寻找不同样品的差异基因可能和哪些基因功能的改变有关。 教程：GO和pathway分析 目前有许多GO和pathway分析软件，GO分析软件有Avadis(商业软件)、BiNGO(开源java)、DAVID(基于web的工具)等，pathway分析有IPA和MetaCore(商业软件)等。 但这些软件学习成本高，且许多都是商业软件。有没有一种分析方法无门槛，直接上手就可以搞定的呢? GCBI平台，伸手党的福音，生信分析方法直接加载了模块，你需要做的只是创建方案，拖动模块，单击运行即可。小编用样本GSE19804演示一下，倒数10min，GO富集分析，pathway分析全搞定。 1、进入GCBI网站的在线实验室https://www.gcbi.com.cn(需注册才能使用) 2、建立项目——方案，在方案界面，拖动模块，修改名字和参数，并用连接线将模块连接成一个方案，小编建立了如下差异分析和GO和pathway分析方案。 3、选择样本数据。  样本数据GSE19804直接来自于GCBI样本库，将样本发送到在线实验室。点击方案中样本模块，在样本分组管理中选择配对样本，选择好相应的对照组和实验组样。Lungnormal **N为对照组，Lungcancer **T为实验组。 4、设置各模块参数 差异分析 |fold change|>1.2 P值<0.05 ， Q值<0.05 GO分析 分析类型生物功能分析p值<0.01 ，FDR<0.01 Pathway分析 p值<0.05 5、运行方案 是不是毫无压力? 附录： 文献技术及参数： 1、检测手段:GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 expression arrays (Affymetrix, Inc.) 2、差异筛选：配对t 检验 (P <10^-16)和Bonferroni 校正P值 3、pathway分析：IPA软件费希尔精确检验(fisher’s exact test) P<0.5 检测工具选择 可使用其他检测工具 GeneChip® Human Gene2.0 arrays GeneChip® HumanTranscriptome Array 2.0(推荐) |
2楼2017-08-04 15:42:46