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晋鹏
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【答案】应助回帖
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西门吹雪170: 金币+6, 鼓励热心回帖交流 2017-08-03 07:44:07
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简单讲一下DESeq2这个包如何用！ library(DESeq2) library(limma) library(pasilla) data(pasillaGenes) exprSet=counts(pasillaGenes) ##做好表达矩阵 group_list=pasillaGenes$condition##做好分组因子即可 (colData <- data.frame(row.names=colnames(exprSet), group_list=group_list)) dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = exprSet, colData = colData, design = ~ group_list) ##上面是第一步第一步，构建dds这个对象，需要一个表达矩阵和分组矩阵！！！ dds2 <- DESeq(dds) ##第二步，直接用DESeq函数即可 resultsNames(dds2) res <- results(dds2, contrast=c("group_list","treated","untreated"  )## 提取你想要的差异分析结果，我们这里是treated组对untreated组进行比较 resOrdered <- res[order(res$padj),] resOrdered=as.data.frame(resOrdered) 可以看到程序非常好用！ 它只对RNA-seq的基因的reads的counts数进行分析，请不要用RPKM等经过了normlization的表达矩阵来分析。 值得一提的是DESeq2软件独有的normlization方法！ rld <- rlogTransformation(dds2) ## 得到经过DESeq2软件normlization的表达矩阵！ exprSet_new=assay(rld) par(cex = 0.7) n.sample=ncol(exprSet) if(n.sample>40) par(cex = 0.5) cols <- rainbow(n.sample*1.2) par(mfrow=c(2,2)) boxplot(exprSet, col = cols,main="expression value",las=2) boxplot(exprSet_new, col = cols,main="expression value",las=2) hist(exprSet) hist(exprSet_new) 本来应该是数据离散程度非常大的RNA-seq的基因的reads的counts矩阵经过normlization后变成了类似于芯片表达数据的表达矩阵，然后其实可以直接用T检验来找差异基因了！ |
2楼2017-08-02 21:59:15
