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messilol

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求问关于用psiblast生成pssm文件的问题

本人在linux平台上使用psiblast程序,输入一个氨基酸序列文件(.fasta),希望得到.pssm文件,可是运行结束后没有pssm文件生成。这是我的命令语句
psiblast -db db/nr -query input/1a1xA.FASTA -out_ascii_pssm output/1a1xA.pssm
运行结束后截图见附件。运行完没有1a1xA.pssm文件产生
求助各位这是怎么回事

求问关于用psiblast生成pssm文件的问题
捕获.JPG
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zecatherine

新虫 (小有名气)

2楼2017-10-04 07:27:12
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姗妮_10

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

这是我的输入命令 psiblast -query /home/javis/data_base/1a2yC  -db /home/javis/data_base/nr/nr  -num_iterations 3  -out test1  -out_ascii_pssm test1.pssm可以生成PSSM文件,但是结果文件是n*40,而不是n*20,我先问问这两个n*20分别表示什么
3楼2017-12-20 16:02:30
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