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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 关于用mega做聚类分析建树
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1937mcq

金虫 (初入文坛)

努力后生

[求助] 关于用mega做聚类分析建树已有1人参与

关于mega，有没有人了解并且会用的，我需要做聚类分析建树，后面还要作热击图，但是我完全是一个外行，目前有一百多个基因，蛋白序列也基本都有了，但是mega真的不会用，有大神知道的还望指导，小女子感激不尽！！！
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心若向阳，无谓悲伤！
1楼2017-07-22 16:49:06
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1937mcq

金虫 (初入文坛)

努力后生
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晋鹏 at 2017-07-22 22:01:56
软件下载：MEGA 5；DNAMAN 7
1． 准备序列文件
准备fasta格式序列文件（fasta格式：大于号>后紧跟序列名，换行后是序列。举例如下）。每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内。
核酸序 ...

太感谢了，DANMAN目前我电脑已经有了，但是找不到下载官方mega的地址，可否提供一个，谢谢，
那热击图你也应该会吧，方便的话指导一下，表达数据基本都有了。
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心若向阳，无谓悲伤！
3楼2017-07-23 14:44:01
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晋鹏

版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+6, MolEPI+1, 鼓励回帖交流 2017-07-23 09:26:53
软件下载：MEGA 5；DNAMAN 7
1． 准备序列文件
准备fasta格式序列文件（fasta格式：大于号>后紧跟序列名，换行后是序列。举例如下）。每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内。
核酸序列：
>sequence1_name
CCTGGCTCAGGATGAACGCT
氨基酸序列：
>sequence2_name
MQSPINSFKKALAEGRTQIGF

2． 多序列比对
打开MEGA 5，点击Align，选择Edit/Build Alignment，选择Create a new alignment，点击OK。


这时需要选择序列类型，核酸（DNA）或氨基酸（Protein）。


选择之后，在弹出的窗口中直接Ctrl + V粘贴序列（如果所有序列在同一个文件中，即可全选序列，复制）。也可以：点击Edit，选择Insert Sequence From File，选择序列文件（可多选）。
图文详解MEGA <wbr>5构建系统发育树    图文详解MEGA <wbr>5构建系统发育树

序列文件加载之后，呈蓝色背景（为选中状态）。点击按钮 ，选择Align DNA（如果是氨基酸序列，则会出现Align Protein）。弹出的窗口中设置比对参数，一般都是采用默认参数即可。点击OK，开始多序列比对。


比对完成后，呈现以下状态。


这时需要截齐两端含有---的序列：选中含有---的序列，按键Delete删除（注意：两端都需要截齐）。截齐之后，保存文件为：filename.mas


3． 构建系统进化树
多序列比对窗口，点击Data，选择Phylogenetic Analysis，弹出窗口询问：所用序列是否编码蛋白质，根据实际情况选择Yes或No。此时，多序列比对文件就激活了，可以返回MEGA 5主界面建树了。


MEGA 5主界面。点击Phylogeny，选择Construct/Test Neighbor-Joining Tree…弹出的对话框询问：是否使用当前激活的数据，选择Yes。这时弹出建树参数设置对话框，更改No. of Bootstrap Replications为1000，其他参数默认即可，点击Compute。
这里解释一下，Construct/Test Maximum Likelihood Tree…（ML）或Construct/Test Neighbor-Joining Tree…（NJ）或Construct/Test Minimum-Evolution Tree…（ME）为三种不同的建树方法，NJ方法最常用。

   
建树完成，效果如下所示。注意，要点击Bootstrap consensus tree查看树形。保存文件为filename.mts(可以用MEGA 5打开)。


4． 后期修改
为了美观，也是为了满足发表文章的要求，需要对进化树进行树形、字体、字号的修改。点击View，选择Options。弹出窗口中，在Tree标签中可以修改枝与枝之间的距离（Taxon Separation）、枝长（Branch Length）和树宽（Tree Width），调整至美观即可。Branch标签中，可以选择勾选“Hide values lower than %”，一般隐藏50%以下的数值。其他的参数可以自行研究，一般默认即可。


文字字体、字号的修改。
方法1：点击Image，选择Save as PDF file，保存至filename.pdf。打开软件Adobe Illustrator CS6，文件---打开---选择刚刚保存的PDF文件。修改好之后，文件---导出---可以导出很多种类型的文件。一般选择保存成TIFF（.tif）文件，颜色模式选择RGB，勾选LZW压缩，其他默认。
方法2：点击Image，选择Copy to Clipboard。粘贴到Word中，右击进化树图片，编辑图片。即可更改字体字号。修改好可以了。或者进一步导出图片格式：先将该word文件打印生成PDF文件，再用Adobe Illustrator CS6或Adobe Photoshop CS6导出图片格式。
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及时行乐，人生不留遗憾！
2楼2017-07-22 22:01:56
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1937mcq

金虫 (初入文坛)

努力后生
引用回帖:
2楼: Originally posted by 晋鹏 at 2017-07-22 22:01:56
软件下载：MEGA 5；DNAMAN 7
1． 准备序列文件
准备fasta格式序列文件（fasta格式：大于号>后紧跟序列名，换行后是序列。举例如下）。每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内。
核酸序 ...

我刚刚试了，但是那个No. of Bootstrap Replications是暗的，无法编辑参数，这个我就进行不下去了。
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心若向阳，无谓悲伤！
4楼2017-07-23 15:20:31
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晋鹏

版主 (知名作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 1937mcq at 2017-07-23 14:44:01
太感谢了，DANMAN目前我电脑已经有了，但是找不到下载官方mega的地址，可否提供一个，谢谢，
那热击图你也应该会吧，方便的话指导一下，表达数据基本都有了。...

http://www.megasoftware.net/
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及时行乐，人生不留遗憾！
5楼2017-07-23 15:44:59
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