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SNP密度分布图是用软件做的？ 已有1人参与
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有人知道下图中的SNP密度分布图是用软件做的么？ 1608686_1357894597_896.png |
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晋鹏
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【答案】应助回帖
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1、思路：将有SNP标记画为蓝色火柴杆图，没有SNP标记的用白色火柴杆图覆盖。 数据准备：sheet1为各染色体SNP标记的位置，sheet2为SNP标记对应的蓝色火柴杆图的线高，sheet3为SNP标记对应的白色火柴杆图的线高。 2、代码如下： [n,b]=xlsread('bar18k MAF.xlsx',1); [n2,b2]=xlsread('bar18k MAF.xlsx',2); [n3,b3]=xlsread('bar18k MAF.xlsx',3); figure; hold; fori=1:1:12; h=stem(n(:,i),n2(:,i),'lineWidth',0.1); hc=get(h,'children'); set(hc(2),'visible','off'); plot(n(:,i),n2(:,i),'b','lineWidth',0.1); h=stem(n(:,i),n3(:,i),'w','lineWidth',0.1); hc=get(h,'children'); set(hc(2),'visible','off') plot(n(:,i),n3(:,i),'b','lineWidth',0.1); end plot([0,45000000],[0.5,0.5],'k'); set(gca,'TickDir','out'); set(gca,'Xlim',[0,45000000]); set(gca,'XTick', (5000000:5000000:45000000)); set(gca,'XTickLabel',b2(1:9)); set(gca,'ylim',[0.5,12.25]); set(gca,'yTick', (1:12)); set(gca,'yTickLabel',b); set(gca,'xcolor',[0,0,0]); set(gca,'ycolor',[0,0,0]); set(gca,'FontName','Times New Roman','FontSize',14); clear all; |
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zhouxfd
木虫 (正式写手)
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