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文曲星199466

铁虫 (初入文坛)

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[求助] SNP密度分布图是用软件做的？已有1人参与

有人知道下图中的SNP密度分布图是用软件做的么？

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1楼 2017-07-20 14:20:47

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晋鹏

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

1、思路：将有SNP标记画为蓝色火柴杆图，没有SNP标记的用白色火柴杆图覆盖。
数据准备：sheet1为各染色体SNP标记的位置，sheet2为SNP标记对应的蓝色火柴杆图的线高，sheet3为SNP标记对应的白色火柴杆图的线高。

2、代码如下：
[n,b]=xlsread('bar18k MAF.xlsx',1);
[n2,b2]=xlsread('bar18k MAF.xlsx',2);
[n3,b3]=xlsread('bar18k MAF.xlsx',3);
figure;
hold;
fori=1:1:12;
h=stem(n(:,i),n2(:,i),'lineWidth',0.1);
hc=get(h,'children');
set(hc(2),'visible','off');
plot(n(:,i),n2(:,i),'b','lineWidth',0.1);
h=stem(n(:,i),n3(:,i),'w','lineWidth',0.1);

hc=get(h,'children');
set(hc(2),'visible','off')
plot(n(:,i),n3(:,i),'b','lineWidth',0.1);
end
plot([0,45000000],[0.5,0.5],'k');
set(gca,'TickDir','out');
set(gca,'Xlim',[0,45000000]);
set(gca,'XTick', (5000000:5000000:45000000));
set(gca,'XTickLabel',b2(1:9));
set(gca,'ylim',[0.5,12.25]);
set(gca,'yTick', (1:12));
set(gca,'yTickLabel',b);
set(gca,'xcolor',[0,0,0]);
set(gca,'ycolor',[0,0,0]);
set(gca,'FontName','Times New Roman','FontSize',14);
clear all;

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及时行乐，人生不留遗憾！

2楼2017-07-20 20:39:57

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文曲星199466

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 晋鹏 at 2017-07-20 20:39:57
1、思路：将有SNP标记画为蓝色火柴杆图，没有SNP标记的用白色火柴杆图覆盖。
数据准备：sheet1为各染色体SNP标记的位置，sheet2为SNP标记对应的蓝色火柴杆图的线高，sheet3为SNP标记对应的白色火柴杆图的线高。

...

这个只能画分布，但是看不出来密度。。。当snp密度很高的时候，用这个画就看不出来各个区域的密度高低了。。。有没有其他软件或者R相关代码可以实现？

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3楼2017-07-20 22:43:58

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