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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 求推荐分子对接准备配体时涉及的软件及教程
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YF_Gong

铁虫 (小有名气)

[求助] 求推荐分子对接准备配体时涉及的软件及教程 已有1人参与

各位老师 大家好！

近期刚刚接触分子对接，查了很多资料但是仍有一些疑问，主要是关于配体准备方面的

目前我是从SCIFinder上去找化合物的结构，然后用 MarvinSketch 进行平面结构绘制 保存为mol格式文件 进行分子对接。

但是很多材料说要将配体分子先转化为3D结构的 并做MM能量优化才能用

就想问一下 如何转化为3D结构 如何做优化呢？

可否推荐几个软件或者教程？

不胜感激！
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没有梦想，和咸鱼有什么区别？！
1楼 2017-07-19 12:41:32
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yilanding

木虫 (著名写手)
chem3d可以做

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很傻
2楼2017-07-19 12:46:45
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YF_Gong

铁虫 (小有名气)
内容已删除
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没有梦想，和咸鱼有什么区别？！
3楼2017-07-19 14:00:25
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yilanding

木虫 (著名写手)
chemoffice的一个，小木虫上找吧

发自小木虫IOS客户端
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很傻
4楼2017-07-19 14:35:05
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
内容已删除
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

YF_Gong
5楼2017-07-19 20:10:29
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Ericimb

新虫 (初入文坛)
Swiss modeling on line molecular docking server

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6楼2017-07-21 08:40:20
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YF_Gong

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yilanding at 2017-07-19 14:35:05
chemoffice的一个，小木虫上找吧

多谢多谢
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没有梦想，和咸鱼有什么区别？！
7楼2017-07-24 09:55:13
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YF_Gong

铁虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by zh1987hs at 2017-07-19 20:10:29
小胖子，我帮你弄啊~~~...

发现了小胖子的马甲
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没有梦想，和咸鱼有什么区别？！
8楼2017-07-24 09:55:41
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YF_Gong

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Ericimb at 2017-07-21 08:40:20
Swiss modeling on line molecular docking server

这个网站不是用来同源建模的么 也可以用么？
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没有梦想，和咸鱼有什么区别？！
9楼2017-07-24 09:56:11
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
YF_Gong: 金币+5 2017-08-17 14:19:59
引用回帖:
9楼: Originally posted by YF_Gong at 2017-07-24 09:56:11
这个网站不是用来同源建模的么 也可以用么？...

不可以，swissdock可以，是个在线的服务器
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10楼2017-07-25 08:34:53
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