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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 关于NEB做HER表面催化氢化反应的讨论
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xiaosi208

木虫 (小有名气)

[交流] 关于NEB做HER表面催化氢化反应的讨论

请问，用NEB做HER表面催化氢化反应时，是否一定要考虑到水溶液条件下进行？按照机理走的话，是需要水的参与的，但如果只是单纯采用H原子进行模拟反应过程，只是做出了Tafel反应机制的能垒，但是Heyrovsky机理却一直模拟不出来，吸附在表面上的单个H原子很容易从表面脱离，很难模拟出中间过程，请问各位大神有何办法能够解决此类问题？
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零点能

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1楼 2017-07-18 21:47:43
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★
xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
xiaosi208: 回帖置顶 2017-07-21 18:00:46
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2017-07-21 20:20:33
vasp有vaspsol的插件，qe有environ插件，这些插件提供了连续介质模型（隐式溶剂模型）。你需要再加上少许直接参与反应的水分子（显式溶剂模型）以及水合质子来处理Heyrovsky机理。刘智攀老师的文章你可以参考下 J. Phys. Chem. C 2013, 117, 7669−7680，采用了连续介质模型（他们自己修改了SIESTA的代码）与三个水分子合一个质子。
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xiaosi208 xiaosi208
29楼2017-07-20 05:52:54
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假大空

木虫之王 (文学泰斗)
★
xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
好运
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22楼2017-07-19 08:49:42
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xiaosi208

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
29楼: Originally posted by 卡开发发 at 2017-07-20 05:52:54
vasp有vaspsol的插件，qe有environ插件，这些插件提供了连续介质模型（隐式溶剂模型）。你需要再加上少许直接参与反应的水分子（显式溶剂模型）以及水合质子来处理Heyrovsky机理。刘智攀老师的文章你可以参考下 J.  ...

好的，谢谢您，您提的建议我会好好考虑，还有刘智攀老师的文章，我也会好好研究研究，非常感谢
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33楼2017-07-21 18:00:18
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xiaosi208

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
29楼: Originally posted by 卡开发发 at 2017-07-20 05:52:54
vasp有vaspsol的插件，qe有environ插件，这些插件提供了连续介质模型（隐式溶剂模型）。你需要再加上少许直接参与反应的水分子（显式溶剂模型）以及水合质子来处理Heyrovsky机理。刘智攀老师的文章你可以参考下 J.  ...

好的，谢谢您，您提的建议我会好好考虑，还有刘智攀老师的文章，我也会好好研究研究，非常感谢
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34楼2017-07-21 18:00:38
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
34楼: Originally posted by xiaosi208 at 2017-07-21 18:00:38
好的，谢谢您，您提的建议我会好好考虑，还有刘智攀老师的文章，我也会好好研究研究，非常感谢...

Matthew Neurock组的文章你也可以研究一下，大家的方法大同小异。
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xiaosi208
35楼2017-07-21 19:07:29
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xiaosi208

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
35楼: Originally posted by 卡开发发 at 2017-07-21 19:07:29
Matthew Neurock组的文章你也可以研究一下，大家的方法大同小异。...

恩恩，我们现在也是处于摸索阶段，采用的NEB方法做的，现在由于着急写文章使用，暂时先不考虑其他方法吧，谢谢您的提点，请问您也是做这方面的吗？是使用的什么方法做的？
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36楼2017-07-22 22:21:28
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
36楼: Originally posted by xiaosi208 at 2017-07-22 22:21:28
恩恩，我们现在也是处于摸索阶段，采用的NEB方法做的，现在由于着急写文章使用，暂时先不考虑其他方法吧，谢谢您的提点，请问您也是做这方面的吗？是使用的什么方法做的？...

现在我不做这个了，之前用的是qe。
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37楼2017-07-23 14:13:25
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xiaosi208

木虫 (小有名气)
引用回帖:
37楼: Originally posted by 卡开发发 at 2017-07-23 14:13:25
现在我不做这个了，之前用的是qe。...

恩恩，好的，谢谢您
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38楼2017-07-23 15:13:09
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zxcv4041011

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
36楼: Originally posted by xiaosi208 at 2017-07-22 22:21:28
恩恩，我们现在也是处于摸索阶段，采用的NEB方法做的，现在由于着急写文章使用，暂时先不考虑其他方法吧，谢谢您的提点，请问您也是做这方面的吗？是使用的什么方法做的？...

楼主，问题解决了没
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39楼2017-12-28 10:35:21
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简单回复
psylhh2楼
2017-07-18 22:02   回复  
xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
祝福
wzpmw5643楼
2017-07-18 22:05   回复  
xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
tzynew4楼
2017-07-18 22:07   回复  
xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
wxmsha315楼
2017-07-18 22:08   回复  
xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
atbjscs716楼
2017-07-18 22:13   回复  
xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
低价核磁7楼
2017-07-18 22:30   回复  
xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
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mjlsb8楼
2017-07-18 22:40   回复  
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avenwb8489楼
2017-07-19 01:35   回复  
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zbexcp85810楼
2017-07-19 01:55   回复  
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uvwdsuk78311楼
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shuqtbp01112楼
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heqrxy22313楼
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ktzdfqy69614楼
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wvqhuz1815楼
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zgkttr24916楼
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ccvgvv02317楼
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lanwangsen18楼
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xzlws19楼
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xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
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gqvssp40820楼
2017-07-19 05:30   回复  
xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
59887815721楼
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xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
gg 发自小木虫Android客户端
mhqzn89523楼
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xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
流浪猫838624楼
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xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
avenwb84825楼
2017-07-20 01:32   回复  
gppdr41126楼
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xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
qpdvbep72827楼
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xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
xjuzdc0928楼
2017-07-20 04:43   回复  
xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
bdyspf8130楼
2017-07-20 06:30   回复  
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xewwbw14131楼
2017-07-20 06:39   回复  
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nono200932楼
2017-07-20 22:13   回复  
xiaosi208(金币+1): 谢谢参与
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